R CRAN中的注意检查：没有存储库集,因此跳过循环依赖关系检查

从R 3.1.0我得到以下R检查：

* checking package dependencies ... NOTE
  No repository set,so cyclic dependency check skipped

我试过这个建议：https://twitter.com/phylorich/status/431911660698083328

没有去。我把行选项(repos =“http://cran.rstudio.com/”)放在包根目录中的.Rprofile中。仍然得到的注。

Writing R Extensions的1.3.1节还规定：

Some Windows users may need to set environment variable R_WIN_NO_JUNCTIONS 
to a non-empty value. The test of cyclic declarations33in DESCRIPTION 
files needs repositories (including CRAN) set: do this in ~/.Rprofile.

这可能是设置环境变量R_WIN_NO_JUNCTIONS的结果吗？如果是这样，我怎么可以这样做？注意或建议修复的任何其他可能的原因？

From Writing R Extensions

DESCRIPTION文件中循环声明的测试需要知识库(包括CRAN)设置：在〜/ .Rprofile中执行此操作，例如

options(repos = c(CRAN="http://cran.r-project.org"))

推荐的

用户应该仔细检查他的.Rprofile是否在他的家，并且它包含所提到的选项。

# in R session (any platform)
# where is my profile?
file.path(Sys.glob("~"),".Rprofile")
# is it there?
file.exists(file.path(Sys.glob("~"),".Rprofile"))

或者从R会话使用额外的包：

library(pathological)
r_profile()

用户应该仔细检查选项条目是否没有嵌套在IF条件中，如下面的代码所示：

# this will not help for R CMD check --as-cran
if(interactive()) {
options(repos = c(CRAN="http://cran.r-project.org"))
}

任何平台的干运行

这里是R脚本准备容易临时案例的R包测试，帮助更快地找到你的本地使用中出了什么问题。
这个aproach帮助我找到我的.Rprofile文件中出了什么错误，一般可以帮助设置工作初始状态。
在最好的情况下，检查运行应该只显示1关于新提交的注释。

>首先复制/粘贴代码并将其源代码到您的R会话(–vanilla
优选)
>然后运行由脚本打印的命令以检查测试用例–as-cran。

例

# for example
R --vanilla -f makePackage.R
# here the resulting package path is as below
R --no-site-file CMD check --as-cran /tmp/pkgtest
# now see the check log

如果您的.Rprofile不存在，它将被创建，并且在任何情况下，一个新行放置在文件末尾。

makePackage.R脚本

# makePackage.R
# makes simple package for playing with check --as-cran

# copy this content to file makePackage.R
# then source it into your R --vanilla session

name <- "pkgtest"

#
# prepare and adjust package template
#

tempbase <- dirname(tempdir())
e <- new.env()
path <- dirname(tempdir())

# make simple package in path
e$fu <-  function(){"Hello"}
package.skeleton(name=name,force=T,path=path,environment=e)
nil <- file.remove(
    file.path(path,name,'Read-and-delete-me'),file.path(path,'man',paste0(name,'-package.Rd'))
    )

# adjust DESCRIPTION
D <- readLines(file.path(path,"DESCRIPTION"))
D[grepl("^Title: ",D)] <- "Title: Testing Skeleton"
D[grepl("^Author: ",D)] <- "Author: John Doe"
D[grepl("^Description: ",D)] <- "Description: Checking --as-cran check."
D[grepl("^Maintainer: ",D)] <- "Maintainer: John Doe <jdoe@doe.net>"
D[grepl("^License: ",D)] <- "License: GPL (>= 2)"
write(D,"DESCRIPTION"))

# make fu.Rd
write(
"\\name{fu}\\alias{fu}\\title{Prints}\\description{Prints}
\\usage{fu()}\\examples{fu()}",'fu.Rd'))

#
# ensure that .Rprofile contains repos option 
# add fresh new line et the end of .Rprofile
# 

userRp <- file.path(Sys.glob("~"),".Rprofile")
write("options(repos = c(CRAN='http://cran.r-project.org'))",file=userRp,append=TRUE)

#
# print final message
#

msg <- sprintf("
Your test package was created in %s,under name %s,your user .Rprofile in %s was modified (option repos),now check this test package from command line by command:

R --no-site-file CMD check --as-cran %s
",path,userRp,name) 
)

# now is time to check the skeleton
message(msg)

检查包

# replace package-path by the path adviced by the sourcing the script above
R --no-site-file CMD check --as-cran package-path

有用户配置文件和网站配置文件，在上面的方法绕过网站配置文件(在第二步)通过使用–no-site-file选项包框架选项。

PDF错误

你可以体验PDF和乳胶相关的错误，很可能是由于缺少或不完全胶乳安装。可以使用–no-manual选项跳过PDF测试。

R --no-site-file CMD check --no-manual --as-cran /tmp/pkgtest

R CRAN中的注意检查：没有存储库集,因此跳过循环依赖关系检查

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