课 程 |
内 容 |
赠送视频内容 MD基础知识 |
分子动力学模拟入门理论——掌握LAMMPS的in文件中实现这些功能的命令 系综理论、主要算法介绍、单位制 积分步长的选取、温度和压力控制、 周期性边界条件 力场简介 分子动力学模拟流程 |
第一天 上午 LAMMPS基础入门
|
1 LAMMPS的基础入门——初识LAMMPS是什么?能干什么?怎么用? 1.1 LAMMPS在win10和ubuntu系统的安装及使用 1.2 in文件结构格式 1.3 in文件基本语法:结合实例,讲解in文件常用命令 1.4 data文件格式 1.5 LAMMPS常见错误解决途径 实例操作: 运行并理解跟自己科研方向相近的例子。 |
第一天 下午 LAMMPS进阶 (石墨烯、金属材料模拟专题) |
2 LAMMPS进阶实例操作,理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型,举一反三提高学习效率 实例操作: 2.1 把剪切模型转换成拉伸模型 2.2 lattice命令石墨烯、金属、合金、高熵合金不同形状模型 2.3 石墨烯(不同力场)、金属、合金、高熵合金等拉伸剪切力学性质模拟 |
第二天 上午 LAMMPS进阶 (纳米流体模拟专题) |
3 LAMMPS进阶实例操作,理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型,举一反三提高学习效率 实例操作: 3.1 把二维couette和poiseuille流动扩展成三维模型 3.2 建立三维管道内的poiseuille流动 3.3 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟 3.4 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质,分析其对流动性质的影响 3.5 学习使用packmol,建立复杂混合溶液体系模型 3.6 模拟KCl等盐溶液的纳米流体流动 |
第二天 下午 LAMMPS进阶 (热传导模拟专题) |
4 LAMMPS进阶实例操作,理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型,举一反三提高学习效率 实例操作: 4.1 理解导热系数意义 4.2 掌握lammps计算导热系数的几种方法 4.3 碳纳米管等导热系数的模拟计算 |
第三天 上午 LAMMPS进阶 (多成分体系模拟专题) |
5 LAMMPS进阶实例操作,理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型,举一反三提高学习效率 实例操作: 5.1 金属、合金、高熵合金的摩擦模拟 5.2 材料切削模拟 5.3 夹层结构(graphene/C60/graphene)在不同粗糙度条件下的摩擦模拟复现 |
第三天 下午 LAMMPS进阶 (金属、半导体材料的辐照模拟) |
6 离子辐照对石墨烯、金属、碳化硅的离位损伤模拟 6.1 建立模拟体系的初始模型 6.2 PKA动能、位移随时间变化 6.3 点缺陷结构可视化 6.4 点缺陷的数量随时间变化 6.5 点缺陷的空间分布及演化过程 |
备选内容,根据课堂进度和学员情况决定 |
VMD、OVITO、msi2lmp等有机小分子建模,模型合并及模拟的轨迹文件处理等 |
第四天 上午 自建分子力场参数文件和金属有机框架材料晶体模型 |
7 LAMMPS分子力场文件创建及MOFs材料建模 7.1 介绍固体材料单晶包试验数据结构,掌握基本的材料几何特征 7.2 利用MS软件构建MOFs材料单晶包模型和H2和CO2分子模型 7.3 讲解分子作用势能函数,学习编写MS软件中的力场参数文件(off文件) 7.4 简单介绍巨正则系综Monte Carlo方法 7.5 利用Sorption模块将H2和CO2分子插入到MOFs材料 7.6 编写LAMMPS力场文件(frc文件),并通过lammps程序生成data文件 7.7 运行能量最小化及体系的预松弛 7.8 模拟步骤:包括能量最小化NVT平衡,对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。 实例操作:金属有机框架(MOFs)储氢和碳捕集模拟,计算密度分布,分子的MSD等性质。 |
第四天 下午 分子筛纳米膜分离H2/CO2混合气体模拟 |
8 研究H2/CO2在ZIF-7膜材料中分离性能——模拟文献Science 346 (6215), 1356-1359的分离过程 8.1 利用MS软件构建ZIF-7膜材料单晶包 8.2 设计H2/CO2与ZIF-7体系模型,再现文献“Science 346 (6215), 1356-1359”的实验过程。 8.3 自定义分子力场文件(frc文件),通过lammps程序生成data文件 8.4 运行能量最小化及体系的预松弛 8.5 模拟步骤:包括能量最小化NVT平衡,对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。 8.6 采用VMD查看动态轨迹 8.7 数据分析,计算RDF,MSD,密度分布,选择性等 实例操作:VMD中查看可视化的动态轨迹,计算密度分布,分子的MSD等,抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据,对轨迹进行初步分析。 |
第五天上午 ReaxFF进阶 (碳氢化合物的燃烧) |
9 利用ReaxFF模块研究碳氢化合物的燃烧 9.1 ReaxFF反应力场概述 9.2 碳氢化合物和氧气分子体系的构建 9.3 能量最小化及常温弛豫 9.4 升温模拟 9.5 高温下氧化过程的模拟 9.6 轨迹分析及产物物种分析与可视化 实例操作:碳氢化合物燃烧中升温模拟和高温下氧化过程模拟 |
第五天下午 ReaxFF进阶 (化学机械抛光) |
10 利用ReaxFF模块研究化学机械抛光 10.1 利用 LAMMPS进行复杂体系的建模 10.2 能量最小化及预弛豫 10.3 施压过程模拟 10.4 拉伸过程模拟 10.5 采用 OVITO查看动态轨迹以及数据分析等 实例操作:化学机械抛光施压过程模拟和拉伸过程模拟 |
时 间
LAMMPS分子动力学技术与应用
2022年09月10日-09月12日
2022年09月17日-09月18日
在线直播(授课五天);
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。