如何解决无法从 OpenSUSE Leap 15.2 安装 arm 和 lme4 软件包
我使用的是 OpenSUSE Leap 15.2 操作系统和预装的 R v3.5.0。除了 rstudio 外，我不需要安装任何软件包。
以下是安装详情：
> sessionInfo()
R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-suse-linux-gnu (64-bit)
Running under: openSUSE Leap 15.2
Matrix products: default
BLAS: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so
LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRlapack.so
locale:
[1] LC_CTYPE=fr_FR.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=fr_FR.UTF-8 LC_COLLATE=fr_FR.UTF-8
[5] LC_MONETARY=fr_FR.UTF-8 LC_MESSAGES=fr_FR.UTF-8
[7] LC_PAPER=fr_FR.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=fr_FR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.0
我在安装分析所需的两个软件包时遇到困难：arm 和 lme4。我安装了我还需要的 ggplot2 软件包，没有任何问题。
无论是从 RStudio 图形界面还是从 R 命令行（在终端内），我都会收到大量我无法解释的错误...
我在法国尝试过各种 repos，遇到同样的问题。请注意，这两个软件包的安装在 Windows 10 操作系统上运行良好。
安装输出以：
ERROR: compilation failed for package ‘RcppEigen’
* removing ‘/home/thomas/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.5/RcppEigen’
Warning in install.packages :
installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘latticeExtra’ is not available for package ‘Hmisc’
* removing ‘/home/thomas/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.5/Hmisc’
Warning in install.packages :
installation of package ‘Hmisc’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘minqa’,‘nloptr’,‘statmod’,‘RcppEigen’ are not available for package ‘lme4’
* removing ‘/home/thomas/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.5/lme4’
Warning in install.packages :
installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘lme4’,‘Hmisc’ are not available for package ‘arm’
* removing ‘/home/thomas/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.5/arm’
Warning in install.packages :
installation of package ‘arm’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmp5c12rX/downloaded_packages’
我确实观察到了大量关于 Eigen 内容的错误行，如下所示：
../inst/include/Eigen/src/Core/CoreEvaluators.h:665:8: required from ‘struct Eigen::internal::evaluator<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double,double>,const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double,-1,-1>,1,false> >,const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double,-1> >,false> > >’
../inst/include/Eigen/src/Core/Redux.h:349:39: required from ‘class Eigen::internal::redux_evaluator<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double,false> > >’
../inst/include/Eigen/src/Core/Redux.h:416:17: required from ‘typename Eigen::internal::traits<T>::Scalar Eigen::DenseBase<Derived>::redux(const Func&) const [with BinaryOp = Eigen::internal::scalar_sum_op<double,double>; Derived = Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double,false> >; typename Eigen::internal::traits<T>::Scalar = double]’
我找不到如何在文件中导出完整的安装输出，所以我不能在这里提供更多细节...
非常感谢您的帮助和建议！
托马斯
-- 编辑 --
完成我的问题：
-
我在虚拟机上安装了一个 Ubuntu Focal Fossa (21)（通过 VirtualBox）并且安装包没有任何问题......
-
我尝试安装小的依赖包
minqa并得到以下输出：
我可以看到其他错误消息，例如 make: gfortran: command not found，这可能有帮助....
-- 编辑 --
我设法导出了 arm 软件包安装尝试的输出。请注意，这是从 R 版本 4.1.0 开始的，我也安装在我的 OpenSUSE 系统上（见评论）：
thomas@localhost:~> sudo R
R version 4.1.0 (2021-05-18) -- "Camp Pontanezen"
Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-suse-linux-gnu (64-bit)
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en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
Tapez 'q()' pour quitter R.
> install.packages(pkgs="arm",repos="http://cran.univ-lyon1.fr/")
installation des dépendances ‘jpeg’,‘latticeExtra’,‘lme4’,‘Hmisc’
essai de l'URL 'http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/jpeg_0.1-8.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 18116 bytes (17 KB)
==================================================
downloaded 17 KB
essai de l'URL 'http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/latticeExtra_0.6-29.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1292315 bytes (1.2 MB)
==================================================
downloaded 1.2 MB
essai de l'URL 'http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/lme4_1.1-27.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3302287 bytes (3.1 MB)
==================================================
downloaded 3.1 MB
essai de l'URL 'http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/Hmisc_4.5-0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 775444 bytes (757 KB)
==================================================
downloaded 757 KB
essai de l'URL 'http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/arm_1.11-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 79464 bytes (77 KB)
==================================================
downloaded 77 KB
* installing *source* package ‘jpeg’ ...
** package ‘jpeg’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
gcc -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include -fpic -fmessage-length=0 -grecord-gcc-switches -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector-strong -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection -c read.c -o read.o
In file included from read.c:1:0:
rjcommon.h:11:10: fatal error: jpeglib.h: Aucun fichier ou dossier de ce type
#include <jpeglib.h>
^~~~~~~~~~~
compilation terminated.
make: *** [/usr/lib64/R/etc/Makeconf:168: read.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘jpeg’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/jpeg’
* installing *source* package ‘lme4’ ...
** package ‘lme4’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I'/usr/lib64/R/library/Rcpp/include' -I'/usr/lib64/R/library/RcppEigen/include' -I/usr/local/include -DNDEBUG -DEIGEN_DONT_VECTORIZE -fpic -fmessage-length=0 -grecord-gcc-switches -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector-strong -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection -c external.cpp -o external.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I'/usr/lib64/R/library/Rcpp/include' -I'/usr/lib64/R/library/RcppEigen/include' -I/usr/local/include -DNDEBUG -DEIGEN_DONT_VECTORIZE -fpic -fmessage-length=0 -grecord-gcc-switches -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector-strong -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection -c glmFamily.cpp -o glmFamily.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I'/usr/lib64/R/library/Rcpp/include' -I'/usr/lib64/R/library/RcppEigen/include' -I/usr/local/include -DNDEBUG -DEIGEN_DONT_VECTORIZE -fpic -fmessage-length=0 -grecord-gcc-switches -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector-strong -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection -c optimizer.cpp -o optimizer.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I'/usr/lib64/R/library/Rcpp/include' -I'/usr/lib64/R/library/RcppEigen/include' -I/usr/local/include -DNDEBUG -DEIGEN_DONT_VECTORIZE -fpic -fmessage-length=0 -grecord-gcc-switches -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector-strong -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection -c predModule.cpp -o predModule.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I'/usr/lib64/R/library/Rcpp/include' -I'/usr/lib64/R/library/RcppEigen/include' -I/usr/local/include -DNDEBUG -DEIGEN_DONT_VECTORIZE -fpic -fmessage-length=0 -grecord-gcc-switches -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector-strong -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection -c respModule.cpp -o respModule.o
Erreur : le package ‘Rcpp’ a été installé avant R 4.0.0 : veuillez le réinstaller,s'il-vous-plait
Exécution arrêtée
g++ -std=gnu++14 -shared -L/usr/lib64/R/lib -L/usr/local/lib64 -o lme4.so external.o glmFamily.o optimizer.o predModule.o respModule.o -L/usr/lib64/R/lib -lR
Erreur : le package ‘Rcpp’ a été installé avant R 4.0.0 : veuillez le réinstaller,s'il-vous-plait
Exécution arrêtée
installing to /usr/lib64/R/library/00LOCK-lme4/00new/lme4/libs
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error: le chargement du package ou de l'espace de noms a échoué pour ‘Matrix’ :
le package ‘Matrix’ a été installé avant R 4.0.0 : veuillez le réinstaller,s'il-vous-plait
Erreur : le package ‘Matrix’ ne peut être chargé
Exécution arrêtée
ERROR: lazy loading failed for package ‘lme4’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/lme4’
ERROR: dependency ‘jpeg’ is not available for package ‘latticeExtra’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/latticeExtra’
ERROR: dependency ‘latticeExtra’ is not available for package ‘Hmisc’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/Hmisc’
ERROR: dependencies ‘lme4’,‘Hmisc’ are not available for package ‘arm’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/arm’
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmpz1IryW/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
Messages d'avis :
1: Dans install.packages(pkgs = "arm",repos = "http://cran.univ-lyon1.fr/") :
installation of package ‘jpeg’ had non-zero exit status
2: Dans install.packages(pkgs = "arm",repos = "http://cran.univ-lyon1.fr/") :
installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
3: Dans install.packages(pkgs = "arm",repos = "http://cran.univ-lyon1.fr/") :
installation of package ‘latticeExtra’ had non-zero exit status
4: Dans install.packages(pkgs = "arm",repos = "http://cran.univ-lyon1.fr/") :
installation of package ‘Hmisc’ had non-zero exit status
5: Dans install.packages(pkgs = "arm",repos = "http://cran.univ-lyon1.fr/") :
installation of package ‘arm’ had non-zero exit status
解决方法
根据我的经验，Unix 上的这些错误通常源于缺少外部库。例如，安装 R xml2 软件包需要通过系统软件包管理器（即 R 外部）安装 libxml2-dev，否则安装将失败。
我看不懂法语，但在我看来好像依赖项 jpeg 失败了，因为缺少外部 jpeg 库，然后一切都从那里级联。您可以尝试安装某些版本的 libjpeg 库。我知道它预装在 Ubuntu 中，这可能是它对你有用的原因。我有点惊讶它没有安装在 OpenSUSE 中，但我没有使用 OpenSUSE 的经验。
来自 lme4 包页面：
The core computational algorithms are implemented using the 'Eigen' C++ library for numerical linear algebra and 'RcppEigen' "glue".
https://cran.r-project.org/web/packages/lme4/index.html
我猜你必须安装 Eigen c++ 库，你可以找到方法 here。这更有可能是因为 rcppeigen 无法安装。我会安装 Eigen，然后安装 rcppeigen 和胶水，然后尝试安装您收到错误的其他软件包。
,答案/评论中有很多很好的建议，但即使遵循了所有建议，我还是遇到了更多问题。
以下是我在 OpenSuse Leap 15.2 VM (https://www.osboxes.org/opensuse/) 上成功安装 lme4 和 arm for R v3.5.0 的步骤：
- 下载并安装 R (v3.5.0) 和所需的编译相关软件
sudo zypper install R-core
sudo zypper install R-base
sudo zypper install gcc
sudo zypper install gcc-c++
sudo zypper install gfortran
sudo zypper install ed
sudo zypper install libtool
sudo zypper install nlopt-devel
- 从https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/latticeExtra/latticeExtra_0.6-26.tar.gz 下载latticeExtra (https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/latticeExtra/) 的存档版本
- 打开 R 并安装软件包
install.packages("~Downloads/latticeExtra_0.6-26.tar.gz",repos = NULL)
install.packages("nloptr")
install.packages("Hmisc")
install.packages("lme4")
install.packages("arm")
- 要安装其他所需的软件包，请从 https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ 中找到与 Rv3.5.0 兼容的存档版本并在本地安装（例如
install.packages("~Downloads/latticeExtra_0.6-26.tar.gz",repos = NULL)）
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