尝试通过<code>--config</code>参数将两个字符串列表传递到Snakemake工作流程时遇到问题。 我的config.yaml

我从NCBI网站上下载的SRA文件很少。现在，我要将它们添加到我的<code>snakemake</code>工作流程中。但是，如

我目前正在编写一个Snakefile，该文件执行大量的对齐后质量控制（<code>CollectInsertSizeMetics, CollectAlignmentSum

我正在创建一个Snakemake工作流程，它将包装一些<a href="https://www.nvidia.com/en-us/docs/parabricks/quickstart-guide/sof

我正在编写一个程序包，其中包括一些python文件和一个Snakefile，用于使我的工作流程自动化。 到目

我对snakemake非常陌生，我正在尝试为每个样本创建一个merged.fastq。以下是我的Snakefile。 <pre><code>configf

我正在尝试通过AWS上的Tibanna执行Snakemake官方教程的工作流程。 按照<a href="https://snakemake.readthedocs.io

我想知道是否可以将Snakemake中的这两个规则合并为一个规则（它们在“ run：”中执行相同的操作）：

我正在使用snakemake创建一个管道来调用纳米孔测序数据中的甲基化。我已经使用--dryrun选项运行了snakenake

我正在尝试使用带有Minimap2的Porechop处理MinION cDNA扩增子，并且出现此错误。 <pre><code>MissingInputException

我已经开始使用snakemake来构建工作流，以在样本列表上运行bwa mem。以下是我的配置文件结构和实际数据

我想更改文件夹名称和读取文件的名称。从这里我发现了类似的东西 (<a href="https://stackoverflow.com/questions/

我想在环境conda中将shell命令与任何Python脚本混合使用，因此无法使用'run'部分... 我尝试过： <pr

当在检查点之后继续处理单独的文件时，我似乎无法理解snakemakes检查点功能。 我的工作流程将导致一个

我的问题与此类似：<a href="https://stackoverflow.com/questions/56024818/conditional-execution-of-multiplexed-analysis-with-snake

我写了一个蛇形管道来执行sortmeRNA 4.2.0版本。管道如下，当我为1个示例运行它时，它可以完美运行：

<pre><code>├── DIR1 │ ├── smp1.fastq.gz │ ├── smp1_fastqc/ │ ├── smp2.fastq.gz │ └── smp2_fast

以前，我的<code>Trimmomatic</code> shell命令包含以下修剪器： <blockquote> ILLUMINACLIP：adapters.fa：2：30：10

我想在环境conda中将shell命令与任何Python脚本混合使用，因此无法使用'run'部分... 我尝试过： <pr

我认为我的管道失败了，因为预期的全部规则输出与实际最终输出之间存在冲突。我相信snakemake正在等