我正在尝试开发一个管道，该管道将从yaml配置文件中指定的不同目录中获取输入文件，并通过在yaml中指

我在尝试为snakemake运行<code>VEP</code>包装程序时遇到两个问题。 首先，我想像这样在<code>lambda wildcar

我正在尝试使用snakemake执行一些cwl管道。我需要将参数传递给snakemake用来执行管道的cwltool。 cwltool

我正在SGE集群上运行snakemake管道，我希望snakemake每10s提交1个作业。因此，我尝试设置<code>--max-jobs-per-seco

考虑以下蛇形工作流程（在此<a href="https://gist.github.com/jgte/5e25022fb4a5ce79873622fac34790f7" rel="nofollow noreferrer">

我想使用snakemake首先合并某些文件，然后再基于该合并处理其他文件。 （较少的摘要：我想将两组不同

在缺少输入的情况下，snakemake是否有一种类似于make的行为？ snakemake的当前行为是错误还是功能？ <pre

我试图将通过snakemake工作流程创建的文件串联起来作为最后一条规则。为了分隔和识别每个文件的内容

我想使用在输入字符串中需要<code>*</code>和<code>R{1,2}</code>的管道。 <pre><code>rule preprocess: input:

在Snakemake中可能是一个非常基本的问题，但到目前为止我找不到答案。说我有样品清单 <pre><code>SAMPLES

这是我正在努力寻找以下解决方案的一个复杂问题： 想象一下，有一个Snakemake工作流程，其中包含

说，我在同一工作流程中有两个Snakemake规则，具有不同的环境/内存要求。在Snakemake之外，我将根据作业

我想创建一个Snakemake规则，其中包含：输入，日志，shell节。没有输出，我只想作为命令的结果来捕获日志。

默认的snakemake作业脚本如下： <pre><code>#!/bin/sh # properties = {properties} {exec_job} </code></pre> 我已对其进

我真的迷失了解决该错误的确切方法。 我正在运行snakemake来执行一些对齐后质量检查。 我的代码如下：

在向工作流程添加规则时，我经常会发现需要将大型作业拆分为多个批次。这意味着我的输入/输出文件

<a href="https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#local-rules" rel="nofollow noreferrer"><code>localrules</code>

我正在尝试使用<code>conda-build</code>命令构建一个具有一个依赖项（<a href="https://anaconda.org/bioconda/snakemake"

我正在将<code>Snakemake</code> <code>Shell:</code>移植到<a href="https://snakemake-wrappers.readthedocs.io/en/stable/" rel="nofoll

我有两条可能的三位一体之路：无基因组（GF）和基因组指导（GG）。为了决定采用哪种方式，我使用了配