Shell 是一个用 C 语言编写的程序，它是用户使用 Linux 的桥梁。Shell 既是一种命令语言，又是一种程序设计语言。Shell 是指一种应用程序，这个应用程序提供了一个界面，用户通过这个界面访问操作系统内核的服务。Ken Thompson 的 sh 是第一种 Unix Shell，Windows Explorer 是一个典型的图形界面 Shell。
linux 系统 PCRE(Perl Compatible Regular Expressions) 相关
1、pcre 编译 ./configure --enable-utf8 --enable-unicode-properties make make install 2、查看pcre 版本 pcre默认
linux系统如何提取奇数列
1、遇到一个数据需要提取奇数列 创建测试数据 [root@linuxprobe test]# seq -f %03g 60 | xargs -n 30 > test.txt[root@linux
Can't exec "epstopdf": No such file or directory 报错解决
1、运行perl程序遇到如下报错，Can't exec "epstopdf": No such file or directory 2、 安装 epstopdf
linux系统下安装R-3.5.3
背景：前面装的R最新版R-4.0.2，编译一直报错，尝试了多种方法，没解决，考虑换低版本R试一下。 R-4.0.2编译报错如下： 1、R-3.5.3软件的下载、编译 wget https://mirr
linux 系统如何给软件设置环境变量
安装软件后，如果不针对软件的可执行程序设置环境变量，则在每次使用软件时，均需要调用软件可执行程序的绝对路径，相对繁琐。 以下以plink软件为例，将plink的可执行程序加入环境变量。 1、首先下载p
《Linux就该这么学》学习笔记 04
管道符、重定向和环境变量 一、输入输出重定向 1>: 表示标准输出，1可以省略； 2> ：表示标准错误输出，2 一定不能省略。 > : 输出重定向，将清空原有的内
samtools软件安装中 configure: error: liblzma development files not found 报错的解决方法
1、安装samtools 软件中 遇到如下错误： ./configure 2、解决办法： yum -y install xz-devel 参考：https://support.huaweicloud.
samtools软件安装中 configure: WARNING: S3 support not enabled: requires SSL development files 的解决方法
1、samtools软件安装中遇到如下问题： ./configure 2、解决方法 yum install gcc gcc-c++ zlib zlib-devel openssl openssl-de
linux redhat8 /usr/bin/env: ‘python’: No such file or directory gatk安装报错解决方法
1、安装gatk-4.1.8.1遇到如下报错： 2、检测python 发现只有python3 3、为Python3建立软连接： 4、测试python 和 gatk 已经可以使用。
linux系统 如何提取奇数列
1、遇到一个数据需要提取奇数列 [root@linuxprobe test]# cat test.txtc1 c2 c3 c4 c5 c6 c7 c8 c9 c10 c11 c12 c13 c14 c
samtools软件安装中 configure: WARNING: libcurl not enabled: library not found 的解决方法
1、samtools安装过程中遇到： ./configure 2、解决方法： yum -y install libcurl-devel 参考：https://www.cnblogs.com/vania
linux hedhat8 安装 java环境
1、在使用gatk 构建 索引文件过程中报错如下： 2、查看java java java --version echo $JAVA_HOMErpm -qa|grep jdk 发现没有安装java。 3
samtools软件安装中 configure: error: curses development files not found 报错的解决方法
1、安装samtoos软件过程中遇到如下报错： ./configure 2、解决方法，参考：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3
samtools软件安装中 configure: error: libbzip2 development files not found 报错的解决方法
1、安装samtools软件过程中遇到如下错误： ./configure 2、解决办法： yum -y install bzip2-devel 参考：https://github.com/samtoo
linux 系统sed命令如何提取奇数行、偶数行及整倍数行
1、创建测试数据 [root@linuxprobe test]# seq 30 > a.txt [root@linuxprobe test]# ls a.txt [root@linuxprobe
java.io.FileNotFoundException: (Too many open files) gatk MarkDuplicates标记重复报错解决
1、使用gatk 对 排序后bam文件进行标记重复出现如下报错： 经过查询，是由于服务器对一次进程可以同时打开的文件数目有限制导致报错。 可以通过Linux系统打开文件最大数量限制设置解决。 2、查看
redhat8 红帽8 bash: make: command not found...报错的解决方法
1、redhat8安装zlib库的时候遇到使用make命令报错： 发现没有make命令： 2、通过查找 参考 https://blog.csdn.net/m0_46622166/article/det
linux 系统 awk命令提取奇数行、偶数行及整数倍行
1、创建测试数据 [root@linuxprobe test]# seq 20 > a.txt [root@linuxprobe test]# ls a.txt [root@linuxprobe
sh: gnuplot: command not found 报错记录
1、sh: gnuplot: command not found 2、 安装 yum install gnuplot
linux系统 comm命令
1、comm 用于对两个文件取交集或者并集， 用法 comm file1 file2，生成三列数据，第一列file1唯一的行，第二列file2唯一的行，第三列file1和file2共有的行 创建测试数
linux系统中常用的通配符*、？、[ ]、[^xxx]、{}
1、*比较常用的通配符，表示匹配任意长度的任意字符 创建测试数据： [root@linuxprobe test]# touch {1..3}.txt {1..3}.csv {1..3}.xxx ##
linux系统中如何将多列数据转化为一列数据
1、利用xargs命令将多列数据转化为一列数据 [root@linuxprobe test2]# echo "1 2 3 4 5 6" > a.txt [root@linux
linux系统统计某一行出现特定字符的次数
1、使用vim编辑器创建测试数据 [root@linuxprobe test]# cat a.txt ewetrte fsdfgf dfghghj dsffgd hgfdwe 2、统计每一行f出现的次
linux grep多条件匹配数据
1、创建测试数据 [root@linuxprobe test3]# cat a.txt w r t f s 4 6 6 a g g s d g r 4 d e w h s f g h 2、 [root
linux grep匹配指定位数数字
1、创建测试数据 [root@linuxprobe test3]# echo {1..300} | xargs -n 15 > a.txt [root@linuxprobe test3]# ca
linux系统中将指定数目行合并为一行
1、创建测试数据 利用awk进行合并（1） [root@linuxprobe test2]# seq -w 30 | xargs -n 2 | sed = | sed 'N;s/\n/>
linux 中大小写转换
1、创建测试数据 [root@linuxprobe test3]# cat a.txt e i j s e f Y U D S D G 2、小写转换为大写 tr [root@linuxprobe te
linux 系统中的 for 循环结构
1、基本结构 #!/bin/bash ## 声明脚本解释器 for 变量 in 可迭代对象 do 循环体 done 2、简单实例 [root@linuxprobe test3]# for i in 1
linux系统删除开头几个字符或者结尾几个字符
1、创建测试数据 [root@linuxprobe test3]# cat a.txt wrwrt fdgsaf fsads gdfgde fsddd dffgdf sfdef sdfdsg 2、 [
linux系统删除指定的行sed命令
1、使用vim创建测试数据 a.txt [root@linuxprobe test]# cat a.txt 1 w e t 2 s f h 3 z c g 4 e a g 5 a f w 6 k h
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