Shell 是一个用 C 语言编写的程序，它是用户使用 Linux 的桥梁。Shell 既是一种命令语言，又是一种程序设计语言。Shell 是指一种应用程序，这个应用程序提供了一个界面，用户通过这个界面访问操作系统内核的服务。Ken Thompson 的 sh 是第一种 Unix Shell，Windows Explorer 是一个典型的图形界面 Shell。
awk 用法使用入门
awk 用法：awk ' pattern {action} ' 变量名 含义 ARGC 命令行变元个数 ARGV 命令行变元数组 FI
sed找到重复的行
sed之仅打印相邻重复的行 cat file aaa bbb bbb ccc ddd eee eee fff 只显示重复的行: bbb bbb eee eee sed -n ':a;N;/\(
linux下tar压缩/解压的使用(tar) 压缩/解压
压缩： tar -zcvf 压缩后文件名.tar.gz 被压缩文件 解压： tar -zxvf 被解压文件 注意：不要有多余的空格，一个空格即可。 具体的可以在linux环境下 用 tar --hel
linux中sed的用法
sed命令行格式为： sed [-nefri] ‘command’ 输入文本/文件 常用选项： -n∶取消默认的输出,使用安静(silent)模式。在一般 sed 的用法中，所有来自 STDIN的资料
bash 统计文件行数
#假设文件名是：fortest.gtfdeclare -i fileLinesfileLines=`sed -n '$=' fortest.gtf`echo $fileLines#--
sed awk 要获得每行的最后一个逗号后边的内容
获得每行的最后一个逗号后边的内容.例如：KIAA1967 KIAA1967, xxxxSECIS biding proin 2-like, SECISBP2L, yyyy 1234ankyrin re
bash 正则表达式匹配，一行文本中 “包含 ABC” 并且 “不包含 XYZ”
bash 正则表达式匹配，一行文本中 “包含 ABC” 并且 “不包含 XYZ”A文件: XXXX ABC XXX4444444444444444XXXX ABC XXX XYZ66666666666
shell/bash 让vi/vim显示空格,及tab字符
shell/bash 让vi/vim显示空格,及tab字符Vim 可以用高亮显示空格和TAB。文件中有 TAB 键的时候，你是看不见的。要把它显示出来：:set listTAB 键显示为 ^I, $显
bash把所有屏幕输出重定向到文件并保持屏幕输出的方法
输出到文件log中，并在屏幕上显示：#ls >&1 | tee log追加输出到文件log中，并在屏幕上显示：#ls >&1 | tee -a log
bash 读入文件
Suppose we have a file contains the following information, termed input_file:A 0B 1C 21.Read file on
shell/bash 交集、并集、差集
方法一（直接用文件名）：取两个文本文件的并集、交集、差集并:sort -m <(sort file1 | uniq) <(sort file2 | uniq) | uniq交:sort -
备用帖子1ShellShell R语言
shell ls -lrt ### list fils by date (sort by date) echo 1 > /proc/sys/vm/drop_caches 清理内存 free -m
使用SecureCRT上传和下载文件
SecureCR 下的文件传输协议有ASCII 、Xmodem 、Ymodem 、Zmodem。ASCII：这是最快的传输协议，但只能传送文本文件。Xmodem：这种传输协议速度较慢，但由于使用了CR
linux bash脚本把A和B文件中有相同ID的B文件的内容输出到文件C
bash脚本把A和B文件中有相同ID的B文件的内容输出到文件C. Aid文件：ID001.1ID032.1ID090.10 Bfilt文件：XX XX XXX ID001.1 XXX999999999
linux 用grep匹配横线
file的内容如下： ADSFADSFSDFASDFJKJK ADSFADSFSDFASDFJKJK ADSFADSFSDFASDFJKJK linux 用grep匹配第2行和第4行横短线： grep
linux/shell sort命令
sort是在Linux里常用的一个命令，用来排序的 # man sort 1 sort的工作原理 sort将文件的每一行作为一个单位，相互比较，比较原则是从首字符向后，依次按ASCII码值进行比较，最
bash shell 合并文件
# 按列合并文件paste file1 file2 file3 > file4# 要先 sort, 再 joinjoin -a 1 file1 file2paste格式为:paste -d -s
shell 读取文件的每一行内容并输出
(1)#!/bin/bashwhile read linedo echo $linedone < file (2)#!/bin/bashcat file | while read linedo
bash/shell 数学计算
$ echo $((20.0/7))$ zcalc$ bc <<< 20ʵ/2$ bc <<< 'scale=4;20ʵ/2'$ expr 20
sed替换单引号
echo "Cfoo'barxml" | sed "s/'/::/g" | sed 's/::/\\:/g' | sed &qu
在shell中使用sendmail发送邮件
cat > sendmymail.sh#!/bin/bash/usr/sbin/sendmail -t To: abc@gmail.com Cc: abc@gmail.com ...
linux/shell 文本文件删除/删掉空行Notepad++ v5.8.7，TextFX， 删除空行
分别用sed awk perl grep 实现： 1 sed '/^$/d' input.txt > output.txt #output file: output.txt 2
awk 传入外部参数
awk 传入外部参数num1=1.1num2=2.2result=$(awk -v n1=$num1 -v n2=$num2 'BEGIN{print (n2>n1)?1:0}'
awk输出单引号，双引号
双引号：awk '{print "\""}' #放大：awk '{print " \" "}'使用“”双引号
Linux系统下统计目录及其子目录文件个数
（1）查看某目录下文件的个数： ls -l |grep "^-"|wc -l 或 find ./company -type f | wc -l （2）查看某目录下文件的个数，包括子
shell查找匹配行，输出该行并输出下面的一行
查找匹配行，输出该行并输出下面的一行 grep： grep -A 1 'keyword' file ### has bug awk:awk '$0~/keyword/{prin
bwa的使用方法
bwa的使用需要两中输入文件： Reference genome data（fasta格式 .fa, .fasta, .fna） Short reads data (fastaq格式 .fastaq,
wget 批量下载目录文件
wget -r -p -k -np http://源目录 ./本地目标目录
shell bash判断文件或文件夹是否存在
#shell判断文件夹是否存在#如果文件夹不存在，创建文件夹if [ ! -d "/myfolder" ]; then mkdir /myfolderfi#shell判断文件,目录
linux 查看各目录文件夹下文件大小
# 显示总大小（/下全部文件占用大小）du -sh /* | sort -nr# 显示各文件夹的大小（当前文件夹下各文件夹的大小）du --max-depth=1
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