如何解决在Ubuntu 18.04和R 4.0.2上安装tidyr时出错
在尝试安装软件包tidyverse
时,在安装依赖项tidyr
时出现错误。
这是我收到的消息的结尾:
cpp11.cpp:31:100: error: ‘unmove’ is not a member of ‘cpp11’
return cpp11::as_sexp(simplifyPieces(cpp11::unmove(cpp11::as_cpp<cpp11::list>(pieces)),cpp11::unmove(cpp11::as_cpp<int>(p)),cpp11::unmove(cpp11::as_cpp<bool>(fillLeft))));
^~~~~~
cpp11.cpp:31:138: error: ‘unmove’ is not a member of ‘cpp11’
return cpp11::as_sexp(simplifyPieces(cpp11::unmove(cpp11::as_cpp<cpp11::list>(pieces)),cpp11::unmove(cpp11::as_cpp<bool>(fillLeft))));
^~~~~~
/usr/lib/R/etc/Makeconf:176: recipe for target 'cpp11.o' failed
make: *** [cpp11.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘tidyr’
* removing ‘/home/xxx/yyy/tidyr’
Warning in install.packages :
installation of package ‘tidyr’ had non-zero exit status
在我幼稚的眼中,问题似乎出在cpp11上。由于cpp11编译错误(R tidyr package installation failed due to cpp11 compilation error (expansion pattern x contains no argument packs)),我看到了与tidyr安装错误类似的问题,但这是针对RHEL系统的。
我的系统上安装了最新版本的gcc / c ++(4:7.4.0-1ubuntu2.3)。还安装了最新版本的系统依赖项libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev
。
这是sessionInfo()
的输出:
R version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.5 LTS
Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1
locale:
[1] LC_CTYPE=en_CA.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_CA.UTF-8 LC_COLLATE=en_CA.UTF-8 LC_MONETARY=en_CA.UTF-8 LC_MESSAGES=en_CA.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_CA.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_CA.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] rstudioapi_0.11 magrittr_1.5 usethis_1.6.1 devtools_2.3.1 pkgload_1.1.0 R6_2.4.1 rlang_0.4.7 fansi_0.4.1 tools_4.0.2
[10] pkgbuild_1.1.0 sessioninfo_1.1.1 cli_2.0.2 withr_2.2.0 ellipsis_0.3.1 remotes_2.2.0 assertthat_0.2.1 digest_0.6.25 rprojroot_1.3-2
[19] crayon_1.3.4 processx_3.4.3 callr_3.4.3 fs_1.5.0 ps_1.3.3 curl_4.3 testthat_2.3.2 memoise_1.1.0 glue_1.4.1
[28] compiler_4.0.2 desc_1.2.0 backports_1.1.8 prettyunits_1.1.1
解决方法
@hadley似乎几天前基于新的cpp11软件包https://github.com/tidyverse/tidyr/releases发布了对tidyr的更新。
由于某种原因,这导致提迪尔无法为我们建造。
我们的(希望是临时的!)解决方法是这样的:
(1)删除对tidyverse
的依赖。而是明确地依赖子包(例如dplyr / ggplot2 / etc)
(2)通过以下方式安装tidyr:
packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/tidyr/tidyr_1.1.0.tar.gz"
install.packages(packageurl,repos=NULL,type="source")
,
看起来以下提交正在解决此问题,尽管不确定何时将其推送到CRAN:https://github.com/r-lib/cpp11/commit/779669a4d0b07e9f9d9382114f44e4f6ff68eebb
,我在这里找到以下内容:https://github.com/tidyverse/tidyr/issues/1024
解决方法是将cpp11降级到版本0.1:
devtools::install_version("cpp11",version = "0.1",repos = "http://cran.us.r-project.org")
,
根据@ djacobs7,@ mkamenet3和@Leandro R. M. de Marco的回答,我最终实现了以下对我有用的解决方案。
- 删除我从cran安装的
echo blah-blah-blah | clip
软件包。 - 重新安装
cpp11
软件包,但这一次是从github,因为它包含@ mkamenet3提到的提交。
cpp11
- 正常安装
devtools::install_github("r-lib/cpp11")
tidyr
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