如何解决如何在Pheatmap中翻转分层聚类节点
我有以下代码:
pheatmap::pheatmap(mtcars,clustering_method = "ward.D2")
哪个会生成如下图?
我想做的就是做到这些:
- 将
mpg
和qsec
节点移到wt
之后。 - 将
disp
和hp
节点移到最左侧。
这是有效的做法吗?如果可以,我该如何实现?
更新
以下是Marco Marco的建议,并附有以下内容: tweek。我想出了完成此工作的这段代码:
phtmap <- pheatmap::pheatmap(mtcars)
col_dend <- phtmap[[2]]
col_dend <- dendextend::rotate(col_dend,order = c("hp","disp","vs","am","cyl","drat","gear","carb","wt","mpg","qsec") )
pheatmap(mtcars,cluster_cols=as.hclust(col_dend))
解决方法
也许这就是您想要的。
library(pheatmap)
library(seriation)
library(dendextend)
phtmap <- pheatmap(mtcars)
col_dend <- phtmap[[2]]
col_dend <- rotate(col_dend,order = rev(names(mtcars)[get_order(col_dend)]))
# The pheatmap with the same clustering of heatmaply
pheatmap(mtcars,cluster_cols=as.hclust(col_dend))
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