如何解决使用python 3.7在macOS终端中运行命令
作为实习的一部分,我试图在python 3.7的macOS终端中从名为rsem的RNA-seq程序包运行命令。我使用的命令是“ rsem-calculate-expression sra_data.fastq ebola ebolaRNA”,其中sra_data.fastq是来自我的桌面上名为“ rsem”的文件夹的文件。目前,我的问题是我不知道如何从python运行终端以找到文件sra_data.fastq。我将如何编写文件路径,以便终端能够找到它?提前致谢!以下是我尝试编写的代码:
import subprocess
def expressionCalculation():
expression = subprocess.run(['rsem-calculate-expression','sra_data.fastq','ebola','ebolaRNA'],capture_output=True)
return expression
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