如何解决相关矩阵添加调整后的p值的其他列
关注此链接:http://www.sthda.com/english/wiki/correlation-matrix-formatting-and-visualization。
library(Hmisc)
flattenCorrMatrix <- function(cormat,pmat) {
ut <- upper.tri(cormat)
data.frame(
row = rownames(cormat)[row(cormat)[ut]],column = rownames(cormat)[col(cormat)[ut]],cor =(cormat)[ut],p = pmat[ut]
)
}
mydata <- mtcars[,c(1:7)]
res<-rcorr(as.matrix(mydata))
flattenCorrMatrix(res$r,res$P)
有什么办法可以添加p的附加列,并用Bonferroni校正行长的平方。
解决方法
一种方法:添加其他行
flattenCorrMatrix <- function(cormat,pmat) {
ut <- upper.tri(cormat)
p = pmat[ut]
data.frame(
row = rownames(cormat)[row(cormat)[ut]],column = rownames(cormat)[col(cormat)[ut]],cor =(cormat)[ut],p = p,p.adjust=p.adjust(p,method = p.adjust.methods,n = length(p))
)
}
替代: 使用Corr.test对对称矩阵自动调整p值。
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