如何解决使用Nextflow压缩文件时出现问题
我尝试在Nextflow管道中使用后缀“ .js”压缩文件。 我的问题是,'result.tar.gz'存档仅包含指向原始文件的软链接,而不包含实际文件。
有人知道这个问题的答案吗?
我的示例代码:
#!/usr/bin/env nextflow
a_ch = Channel
.fromPath('a.js')
b_ch = Channel
.fromPath('b.js')
process testTar {
publishDir ".",mode: 'copy',pattern: "*.tar.gz"
input:
path "a.js" from a_ch
path "b.js" from b_ch
output:
path("result.tar.gz") into results_ch
"""
tar -czvf "result.tar.gz" *.js
"""
}
谢谢。
解决方法
我不知道您有什么焦油,但是请尝试在选项中添加h
,例如-chzvf
,以取消引用符号链接。
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