使用for循环向表中添加新行：python

如何解决使用for循环向表中添加新行：python

我试图在DNA序列中搜索两个正则表达式后创建一个.bed文件。理想情况下，我想生成一个制表符分隔的文件，其中包含序列说明，第一个正则表达式的开始位置和第二个正则表达式的结束位置。我知道正则表达式部分有效，它只是创建我正在努力的\ t分隔文件。

我希望我可以打开/创建一个文件，并为包含该信息的for loop的每次迭代简单地打印一行，就像这样：

with open("Mimp_hits.bed","a+") as file_object:
    for line in file_object:
        print(f'{sequence.description}\t{h.start()}\t{h_rc.end()}')
file_object.close()

但这似乎不起作用（创建空文件）。我也尝试过使用file_object.write，但同样会创建一个空文件。

这是我拥有的所有代码，包括搜索正则表达式：

import re,sys

from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord

infile = sys.argv[1]

for sequence in SeqIO.parse(infile,"fasta"):
    hit = re.finditer(r"CAGTGGG..GCAA[TA]AA",str(sequence.seq))
    mimp_length = 400
    for h in hit:
        h_start = h.start()
        hit_rc = re.finditer(r"TT[TA]TTGC..CCCACTG",str(sequence.seq))
        for h_rc in hit_rc:
            h_rc_end = h_rc.end()
            length = h_rc_end - h_start
            if length > 0:
                if length < mimp_length:
                    with open("Mimp_hits.bed","a+") as file_object:
                        for line in file_object:
                            print(sequence.description,h.start(),h_rc.end())
                    file_object.close()

这是所需的输出：

Focub_II5_mimp_1__contig_1.16(656599:656809)    2   208
Focub_II5_mimp_2__contig_1.47(41315:41540)  2   223
Focub_II5_mimp_3__contig_1.65(13656:13882)  2   224
Focub_II5_mimp_4__contig_1.70(61591:61809)  2   216

这是示例输入：

>Focub_II5_mimp_1__contig_1.16(656599:656809)
TACAGTGGGATGCAAAAAGTATTCGCAGGTGTGTAGAGAGATTTGTTGCTCGGAAGCTAGTTAGGTGTAGCTTGTCAGGTTCTCAGTACCCTATATTACACCGAGATCAGCGGGATAATCTAGTCTCGAGTACATAAGCTAAGTTAAGCTACTAACTAGCGCAGCTGACACAACTTACACACCTGCAAATACTTTTTGCATCCCACTGTA
>Focub_II5_mimp_2__contig_1.47(41315:41540)
TACAGTGGGAGGCAATAAGTATGAATACCGGGCGTGTATTGTTTTCTGCCGCTAGCCCATTTTAACAGCTAGAGTGTGTATATTAACCTCACACATAGCTATCTCTTATACTAATTGGTTAGGGAAAACCTCTAACCAGGATTAGGAGTCAACATAGCTTGTTTTAGGCTAAGAGGTGTGTGTCAGTACACCAAAGGGTATTCATACTTATTGCCCCCCACTGTA
>Focub_II5_mimp_3__contig_1.65(13656:13882)
TACAGTGGGAGGCAATAAGTATGAATACCGGGCGTGTATTGTTTTTCTGCCGCTAGCCTATTTTAATAGTTAGAGTGTGCATATTAACCTCACACATAGCTATCTTATATACTAATCGGTTAGGGAAAACCTCTAACCAGGATTAGGAGTCAACATAGCTTCTTTTAGGCTAAGAGGTGTGTGTCAGTACACCAAAGGGTATTCATACTTATTGCCCCCCACTGTA
>Focub_II5_mimp_4__contig_1.70(61591:61809)
TACAGTGGGATGCAATAAGTTTGAATGCAGGCTGAAGTACCAGCTGTTGTAATCTAGCTCCTGTATACAACGCTTTAGCTTGATAAAGTAAGCGCTAAGCTGTATCAGGCAAAAGGCTATCCCGATTGGGGTATTGCTACGTAGGGAACTGGTCTTACCTTGGTTAGTCAGTGAATGTGTACTTGAGTTTGGATTCAAACTTATTGCATCCCACTGTA

有人可以帮忙吗？

谢谢：）

解决方法

您正在尝试以“ a +”模式打开文件，并在文件中循环浏览（因为这样做时文件位于末尾，因此找不到任何内容）。无论如何，如果这只是一个输出文件，那么您将以“ a”模式打开它以附加到该文件。

可能您只想打开一次文件进行追加，并且在with语句中，当您想将字符串实际追加到文件时，使用file_object.write(...)进行主循环。请注意，使用此file_object.close()构造时不需要with。

with open("Mimp_hits.bed","a") as file_object:
    for sequence in SeqIO.parse(infile,"fasta"):
        # ... etc per original code ...
                    if length < mimp_length:
                        file_object.write("{}\t{}\t{}\n".format(
                                sequence.description,h.start(),h_rc.end()))

要将行写到文件中，您将执行以下操作：

with open("file.txt","a") as f:
    print("new line",file=f)

，如果您希望它用制表符分隔，还可以添加sep="\t"，这就是python 3做成print a function的原因，因此您可以使用sep，end，{{1 }}和file关键字参数。：）

打开要附加的文件意味着文件指针从文件的末尾开始，这意味着向其写入不会覆盖任何数据（将附加到文件末尾的数据）并遍历该文件（或以其他方式从中读取）它）什么也不会提供，就像您已经到达文件末尾一样。

因此，无需遍历文件的行，而只需向其写一行：

flush

您还可以考虑仅在循环开始时打开文件，因为打开一次并多次写入比打开多次更有效，并且with块会自动关闭文件，因此无需明确地执行该操作。

使用for循环向表中添加新行：python

如何解决使用for循环向表中添加新行：python

解决方法

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