如何将函数应用于列的每个单元格?

如何解决如何将函数应用于列的每个单元格?

我正在使用以下完美工作的功能来解析文本数据,以查找患者病历中动脉狭窄的百分比。

txt <- "Small caliber RCA with 50% proximal and 70% mid stenoses."

coronary_anatomy <- function(x) {
    
    # Check if sentence
    if(!is.character(x)) {stop("Requires character string",call. = FALSE)}
    
    # Establish variables
    epicardial <- c("LM","LAD","LCX","RCA")
    mods <- c("proximal","mid","distal","ostial")
    
    sentence <-
        tibble(line = 1,sentence = x) %>%
        tidytext::unnest_tokens(input = sentence,output = word,to_lower = FALSE) %>%
        pull(word)
    
    # Identify number/locations of disease
    artery <- sentence[which(sentence %in% epicardial)]
    locs <- grep("\\d+",sentence) 
    mlocs <- which(sentence %in% mods)
    
    # Find the nearest neighbors to identify which modifier goes with which location
    space <- combn(mlocs,length(locs))
    dist <- apply(space,2,function(x) {sum(abs(locs - x))})
    matched <- space[,which.min(dist)]
    
    tbl <- 
        tibble(
            anatomy = paste(sentence[matched],artery),stenosis = as.numeric(sentence[locs])
        )
    
    # Return
    return(tbl)
}

# Test it out

coronary_anatomy(txt)

Output:

# A tibble: 2 x 2
anatomy      stenosis
<chr>           <dbl>
1 proximal RCA       50
2 mid RCA            70

代码效果很好。但是现在我遇到了大规模应用它的问题。我想将此代码应用于具有一整个列患者病历的数据框。我要运行该功能的数据帧的简化数据帧如下所示。

# A tibble: 2 x 2
PatientID      Records
<chr>           <chr>
1 1234            Small caliber RCA with 50% proximal and 70% mid stenoses
2 1235            Small caliber LCX with 40% proximal and 70% mid stenoses

现在是问题所在。我想以某种方式在整个记录列中运行此功能。但是,运行此功能(如上所示)将输出一个小标题,该小标题的大小取决于可解析的信息量。

比我更聪明的人有一个想法,如何在包含病历的数据表的列中的每个单元格上运行此功能,并以有组织的方式输出该输出(假设输出是小标题)?

解决方法

如果速度不是问题,则可以使用lapplypurrr::map函数(甚至是for循环)遍历数据的每一行,并将每个小节结果保存在{ {1}},然后将小标题列表合并为一个不错的大标题以供使用。例如,

list

如果您使用的是# dplyr and lapply result_list = lapply(your_data$Records,coronary_anatomy) names(result_list) = your_data$PatientID result_tbl = bind_rows(result_list,.id = "PatientID") result_tbl # # A tibble: 4 x 3 # PatientID anatomy stenosis # <chr> <chr> <dbl> # 1 1234 proximal RCA 50 # 2 1234 mid RCA 70 # 3 1235 proximal LCX 40 # 4 1235 mid LCX 70 1.0版或更高版本,则也可以仅使用dplyrgroup_by来做到这一点:

summarize

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