如何解决在保留格式的同时替换列中的值
我有一个看起来像这样的文件(.pdb):
ATOM 1 BB MET A 1 4.171 16.195 -18.221 1.00 0.00 B
ATOM 2 SC1 MET A 1 0.852 15.586 -20.418 1.00 0.00 S
ATOM 3 BB GLU A 3 9.285 12.756 -18.753 1.00 22.00 B
我想用另一个txt文件中的另一个替换第11列中的值:
4.61
4.80
15.81
输出应为:
ATOM 1 BB MET A 1 4.171 16.195 -18.221 1.00 4.61 B
ATOM 2 SC1 MET A 1 0.852 15.586 -20.418 1.00 4.80 S
ATOM 3 BB GLU A 3 9.285 12.756 -18.753 1.00 15.81 B
我尝试了以下awk
awk ' NR==FNR{a[NR]=$0; next}{$11=a[FNR]}1' file2.txt fil1.pdb > output.pdb
,但不保留格式。我得到了这样的东西:
ATOM 1 BB MET A 1 4.171 16.195 -18.221 1.00 4.61 B
ATOM 2 SC1 MET A 1 0.852 15.586 -20.418 1.00 4.80 S
ATOM 3 SC1 GLU A 3 9.285 12.756 -18.753 1.00 15.81 B
有人建议在替换时保留格式吗?
解决方法
以下是awk,它也可以在非gnu版本上使用:
awk ' NR == FNR {
a[NR] = $0
next
}
match($0,/^[[:blank:]]*([^[:blank:]]+[[:blank:]]+){10}/) {
s = substr($0,RLENGTH+1)
sub(/[^[:blank:]]+/,"",s)
print substr($0,1,RLENGTH) a[FNR] s
}' file2.txt fil1.pdb
ATOM 1 BB MET A 1 4.171 16.195 -18.221 1.00 4.61 B
ATOM 2 SC1 MET A 1 0.852 15.586 -20.418 1.00 4.80 S
ATOM 3 BB GLU A 3 9.285 12.756 -18.753 1.00 15.81 B
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