如何解决R ddply功能:无法理解参数摘要等
以下是从输入获取输出的命令:
输入为all.fly.write:
$GENE $HUMAN_ORTHOLOG
14-3-3epsilon YWHAE
14-3-3epsilon YWHAQ
14-3-3epsilon YWHAH
140up TIMMDC1
26-29-p CTSF
26-29-p CTSL
获取输出:
$GENE $HUMAN_ORTHOLOG
14-3-3epsilon YWHAE,YWHAQ,YWHAH
140up TIMMDC1
26-29-p CTSF,CTSL
下面是命令:
output <- ddply(all.fly.write,.(GENE),summarize,matching.Human.Symbol = toString(HUMAN_ORTHOLOG))
我搜索了ddply文档,但很困惑: https://www.rdocumentation.org/packages/plyr/versions/1.8.6/topics/ddply
。(GENE)将使用GENE列对数据进行分组。
对于Summary,我找不到名为summary的参数,那么在这里如何使用它?
为了匹配。Human.Symbol,我无法从此代码的上下文中找到此名称的另一个位置。它只出现在这里。这种说法的作用是什么?
谢谢。
解决方法
尝试使用dplyr
:
read_table("$GENE $HUMAN_ORTHOLOG
14-3-3epsilon YWHAE
14-3-3epsilon YWHAQ
14-3-3epsilon YWHAH
140up TIMMDC1
26-29-p CTSF
26-29-p CTSL") %>%
group_by(`$GENE`) %>%
summarise(`$HUMAN_ORTHOLOG` = glue::glue_collapse(`$HUMAN_ORTHOLOG`,",") %>% as.character)
`summarise()` ungrouping output (override with `.groups` argument)
# A tibble: 3 x 2
`$GENE` `$HUMAN_ORTHOLOG`
<chr> <chr>
1 14-3-3epsilon YWHAE,YWHAQ,YWHAH
2 140up TIMMDC1
3 26-29-p CTSF,CTSL
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