如何解决在ggplot条形图中的每个x轴内的多个条之间添加显着性星号
我正在尝试在ggplot
条形图中指出与我的每个x轴标签中的控件相比有哪些明显不同的处理方法。
我将分类法作为x轴,每个分类中有四个不同的条形,将每种分类法的实验处理和生长指示为y轴。
我附上了使用提供的代码(从代码中消除了误差线)以及一些虚拟数据(其中“ Y”表示控制的重要性)制作的示例图的屏幕截图(如果更容易,请随意编号)
我曾经尝试使用geom_signif
,但似乎无法在同一x轴列中添加多个比较结果,从而表明仅列之间存在差异。
我还尝试用每个星号的值绘制geom_point
,但无法将星号与其各自的处理条对齐。
任何帮助将不胜感激。
ggplot(Experiment,aes(x=Taxa,y=Growth,fill=Treatment)) +
geom_bar(stat="identity",size=0.5,color="black",position=position_dodge())+
scale_fill_manual(values=colorsvalue,name = expression(paste(Treatment)),labels=leglabs,position="top")+
ylab(expression( Growth~ (day^{-1})))+
theme_classic()+
theme (axis.title.x=element_blank()) +
scale_x_discrete (labels = xlabs)+
theme (axis.text.x = element_text(angle=90,hjust=1,size=10))+
theme(text = element_text(size=20))
图
样本数据
解决方法
一种方法是绘制包含“ Y”作为星号的因子。您可以通过首先将每个值的位置计算为new.x并使用新的y值进行偏移来实现。您可以将new.y值调整为适合您需要的值。因为每个图上都有四个图,所以条形图的中心是两端的(0.25 + 0.5)/ 2,中间条是(0.25 + 0)/ 2。负数在条形图的左侧。作为参考,我在this question.
上使用了第二个示例library(dplyr)
Experiment <- Experiment %>% mutate(new.x = ifelse(Treatment == "0.25",-0.375,ifelse(Treatment == "Control",-0.125,ifelse(Treatment == "D. magna",0.125,0.375))) +
as.numeric(as.factor(Taxa)))
Experiment$new.y <- Experiment$Growth +1
ggplot(Experiment,aes(x=Taxa,y=Growth,fill=Treatment)) +
geom_col(size=0.5,color="black",position=position_dodge())+
geom_point(data=subset(Experiment,Star == 'Y'),aes(x=new.x,y=new.y),shape=8,show.legend=FALSE) +
#scale_fill_manual(values=colorsvalue,name = expression(paste(Treatment)),labels=leglabs,position="top")+
ylab(expression( Growth~ (day^{-1})))+
theme_classic()+
theme (axis.title.x=element_blank()) +
#scale_x_discrete (labels = xlabs)+
theme (axis.text.x = element_text(angle=90,hjust=1,size=10))+
theme(text = element_text(size=20))
,
内置在this answer中的技巧是将position_dodge
的宽度设置为0.9以使点与条对齐。然后,您可以将形状添加到原始aes
中,但将一个形状设置为NA
,将一个形状设置为8
(星号)。您也可以在aes
的{{1}}中添加1。
geom_point
数据
ggplot(Experiment,aes(x = Taxa,y = Growth,fill = Treatment,shape = star)) +
geom_bar(stat = "identity",color = "black",position = position_dodge()) +
geom_point(aes(y = Growth + 1),position = position_dodge(0.9),show.legend = FALSE) +
scale_shape_manual(values = c(NA,8))
编辑
一个带有负数的示例,它使用structure(list(Taxa = c("Cyano","Cyano","Dolicho","Gompho","Nosto","Nosto"),Treatment = c("Control","D. pulex","D. magna","0.25","Control","0.25"),Growth = 2:17,star = c("","Y","","Y")),class = "data.frame",row.names = c(NA,-16L))
语句在恒星的y位置加1或减去。
ifelse
带负数的数据
ggplot(Experiment,fill=Treatment,shape = star)) +
geom_bar(stat="identity",position=position_dodge()) +
geom_point(aes(y = ifelse(Growth > 0,Growth + 1,Growth - 1)),position=position_dodge(0.9),show.legend=FALSE) +
scale_shape_manual(values = c(NA,8))
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