如何在inst / extdata中使用文件？ R程序包检查禁止在R 3.6中使用system.file

如何解决如何在inst / extdata中使用文件？ R程序包检查禁止在R 3.6中使用system.file

我正在编写R包并尝试使用外部文件。我将其放在inst/extdata中，并使用system.file("extdata","file.csv",package = "mypackage")将文件加载到函数中。官方手册仅描述了从inst/extdata获取数据的这种方式。

但是在构建过程中出现错误 ERROR: hard-coded installation path: please report to the package maintainer and use '--no-staged-install'

论坛说system.file()是不好的做法，但是我应该如何在包中使用行数据？

此问题在2018年更新后发生。我发现我可以在DESCRIPTION文件中使用StagedInstall: no，但这是作弊的，不是吗？

我想在函数内部使用原始文件（作为预先计算的静态表），并在示例中使用原始文件作为输入文件。我的R版本是3.6.2。

解决方法

发生错误是因为包源代码在安装时执行，而不是在加载包时执行。此外，starting with R 3.6 软件包安装在临时路径中，而不是安装在其实际的最终安装位置。

因此，当直接在文件范围内的包内（即不在函数内）调用时，system.file 将返回虚假路径。这就是您收到的错误消息试图传达的内容。

知道这一点后，解决方案就相当简单了：不要在包构建期间调用 system.file。相反，在包加载期间调用它；也就是说，在 .onLoad 内：

.onLoad = function (libname,pkgname) {
    datafile = system.file("extdata","file.csv",package = "mypackage")
    assign('datafile',datafile,envir = topenv())
}

这会导致在您的包命名空间内创建变量 datafile，您现在可以从其他地方访问它。

论坛说system.file()是不好的做法

不，使用 system.file 绝对不是不好的做法；相反，需要访问您的包 extdata。不好的做法是在文件范围内调用函数。但是在函数内部调用它是文件。

我发现我可以在描述文件中使用 StagedInstall: no，但这是作弊，不是吗？

确实，这是“作弊”，绝对不推荐作为适当的解决方案。