如何解决如何在biplot.pcoa函数中按组着色?
library(ape)
library(devtools)
library(factoextra)
library(phyloseq)
data(esophagus)
> uni <- UniFrac(esophagus,weighted = FALSE)
> pc <- pcoa(uni)
$correction
[1] "none" "1"
$note
[1] "There were no negative eigenvalues. No correction was applied"
$values
Eigenvalues Relative_eig Broken_stick Cumul_eig Cumul_br_stick
1 0.1470141 0.5310901 0.75 0.5310901 0.75
2 0.1298017 0.4689099 0.25 1.0000000 1.00
$vectors
Axis.1 Axis.2
B -0.003662032 0.2941472
C -0.269272297 -0.1500536
D 0.272934329 -0.1440936
$trace
[1] 0.2768158
attr(,"class")
[1] "pcoa"
plot <- biplot.pcoa(D = uni,x = pc)
我想按分类为该图上色。我尝试了habillage = colnames(esophagus_table)
,并尝试了col =
。我也阅读了帮助页面。
我不知道如何使用R中的biplot.pcoa
函数按组着色。食道数据集是phyloseq对象,UniFrac函数需要该对象。食道包含样本和分类单元信息。
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