出现错误错误消息:在te_analysis / transposonPSI_result_2fasta.pl行的模式匹配m //中使用未初始化的值$ _

如何解决出现错误错误消息:在te_analysis / transposonPSI_result_2fasta.pl行的模式匹配m //中使用未初始化的值$ _

我是Perl的新手,执行时在下面的脚本中,出现错误

Use of uninitialized value $_ in pattern match (m//) at te_analysis/transposonPSI_result_2fasta.pl line

我认为问题是在分配$_值的同时,但不确定是否是原因。 如何解决。

#!/usr/bin/perl -w

use strict;
my $largest = 0;
my $contig = '';
if (@ARGV != 2) {
  print "$0 fasta result\n";
  exit;
}

my $filenameA = $ARGV[0];
my $result = $ARGV[1];

my %seqs = ();

open(IN,"$filenameA") or die "oops!\n";

my $read_name = '';
my $read_seq = '';

while () {
  if (/^>(\S+)/) {
    $read_name = "$1";
    $read_seq = "";

    while () {
      if (/^>(\S+)/) {
        $seqs{ $read_name } = $read_seq;

        $read_name = "$1";
        $read_seq = "";
      } else {
        chomp;
        $read_seq. = $_;
      }
    }
  }
}

close(IN);

$seqs{ $read_name } = $read_seq;

open(IN,"$result") or die "oops";

open OUT,">","$result.fa"
   or die "oooooops\n";

while () {
  if (/Chain\s+(\S+)\s+(\d+)-(\d+)\s+(\S+)\s+(\d+)-(\d+)/) {
    print "$1\t$2\t$3\t$4\t$5\t$6\n";

    my $seq = substr($seqs{ $4 },$5 - 1,($6 - $5 + 1));
    print OUT ">$1.$2-$3.$4.$5-$6\n$seq\n";
  }
}

解决方法

您正在针对$_的内容进行匹配-/.../$_ =~ /.../的缩写,但您从未为$_分配任何内容。

两个实例

while ()

应该是

while (<IN>)

简写

while (defined( $_ = readline(IN) ))

我怀疑您是从结构不正确的HTML文档中复制了代码,导致<IN>被解释为未知标签,而不是被显示。

可能还有其他问题。

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。

相关推荐


依赖报错 idea导入项目后依赖报错,解决方案:https://blog.csdn.net/weixin_42420249/article/details/81191861 依赖版本报错:更换其他版本 无法下载依赖可参考:https://blog.csdn.net/weixin_42628809/a
错误1:代码生成器依赖和mybatis依赖冲突 启动项目时报错如下 2021-12-03 13:33:33.927 ERROR 7228 [ main] o.s.b.d.LoggingFailureAnalysisReporter : *************************** APPL
错误1:gradle项目控制台输出为乱码 # 解决方案:https://blog.csdn.net/weixin_43501566/article/details/112482302 # 在gradle-wrapper.properties 添加以下内容 org.gradle.jvmargs=-Df
错误还原:在查询的过程中,传入的workType为0时,该条件不起作用 &lt;select id=&quot;xxx&quot;&gt; SELECT di.id, di.name, di.work_type, di.updated... &lt;where&gt; &lt;if test=&qu
报错如下,gcc版本太低 ^ server.c:5346:31: 错误:‘struct redisServer’没有名为‘server_cpulist’的成员 redisSetCpuAffinity(server.server_cpulist); ^ server.c: 在函数‘hasActiveC
解决方案1 1、改项目中.idea/workspace.xml配置文件,增加dynamic.classpath参数 2、搜索PropertiesComponent,添加如下 &lt;property name=&quot;dynamic.classpath&quot; value=&quot;tru
删除根组件app.vue中的默认代码后报错:Module Error (from ./node_modules/eslint-loader/index.js): 解决方案:关闭ESlint代码检测,在项目根目录创建vue.config.js,在文件中添加 module.exports = { lin
查看spark默认的python版本 [root@master day27]# pyspark /home/software/spark-2.3.4-bin-hadoop2.7/conf/spark-env.sh: line 2: /usr/local/hadoop/bin/hadoop: No s
使用本地python环境可以成功执行 import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt # 设置字体 plt.rcParams[&#39;font.sans-serif&#39;] = [&#39;SimHei&#39;] # 能正确显示负号 p
错误1:Request method ‘DELETE‘ not supported 错误还原:controller层有一个接口,访问该接口时报错:Request method ‘DELETE‘ not supported 错误原因:没有接收到前端传入的参数,修改为如下 参考 错误2:cannot r
错误1:启动docker镜像时报错:Error response from daemon: driver failed programming external connectivity on endpoint quirky_allen 解决方法:重启docker -&gt; systemctl r
错误1:private field ‘xxx‘ is never assigned 按Altʾnter快捷键,选择第2项 参考:https://blog.csdn.net/shi_hong_fei_hei/article/details/88814070 错误2:启动时报错,不能找到主启动类 #
报错如下,通过源不能下载,最后警告pip需升级版本 Requirement already satisfied: pip in c:\users\ychen\appdata\local\programs\python\python310\lib\site-packages (22.0.4) Coll
错误1:maven打包报错 错误还原:使用maven打包项目时报错如下 [ERROR] Failed to execute goal org.apache.maven.plugins:maven-resources-plugin:3.2.0:resources (default-resources)
错误1:服务调用时报错 服务消费者模块assess通过openFeign调用服务提供者模块hires 如下为服务提供者模块hires的控制层接口 @RestController @RequestMapping(&quot;/hires&quot;) public class FeignControl
错误1:运行项目后报如下错误 解决方案 报错2:Failed to execute goal org.apache.maven.plugins:maven-compiler-plugin:3.8.1:compile (default-compile) on project sb 解决方案:在pom.
参考 错误原因 过滤器或拦截器在生效时,redisTemplate还没有注入 解决方案:在注入容器时就生效 @Component //项目运行时就注入Spring容器 public class RedisBean { @Resource private RedisTemplate&lt;String
使用vite构建项目报错 C:\Users\ychen\work&gt;npm init @vitejs/app @vitejs/create-app is deprecated, use npm init vite instead C:\Users\ychen\AppData\Local\npm-