如何解决在Linux中使用多个输入文件对多个文件运行算法
我正在运行以下代码(来自https://github.com/weizhouUMICH/SAIGE/wiki/Genetic-association-tests-using-SAIGE#flowchart):
Rscript step2_SPAtests.R \
--vcfFile=./input/genotype_10markers.vcf.gz \
--vcfFileIndex=./input/genotype_10markers.vcf.gz.tbi \
--vcfField=GT \
--chrom=1 \
--minMAF=0 \
--minMAC=0.5 \
--maxMAFforGroupTest=0.01 \
--sampleFile=./input/samplelist.txt \
--GMMATmodelFile=./output/example_quantitative.rda \
--varianceRatioFile=./output/example_quantitative_cate.varianceRatio.txt \
--SAIGEOutputFile=./output/example_quantitative.SAIGE.gene.txt \
--numLinesOutput=1 \
--groupFile=./input/groupFile_geneBasedtest_simulation.txt \
--sparseSigmaFile=./output/example_quantitative_cate.varianceRatio.txt_relatednessCutoff_0.125.sparseSigma.mtx \
--IsSingleVarinGroupTest=TRUE
我要在22个染色体文件上运行它,因此vcfFile,vcfFileindex,chrom,SAIGEOUtputFile和groupFile输入将不同,例如
chromosome1.vcf.gz/chromosome1.vcf.gz.tbi/chrom=1/chromsome1_output.txt/chromosome1_groupfile.txt
将是第一个输入,chromosome22.vcf.gz/chromosome22.vcf.gz.tbi/chrom=22/chromsome22_output.txt/chromosome22_groupfile.txt
将是最后一个输入
这些文件很大,需要很长时间才能运行,所以我真的不想在很多时间之前就弄错了。如果我按染色体数字顺序提供文件列表作为输入和所需输出(SAIGEoutput),算法将以这种方式运行该文件,即每个输入将同步通过1..22吗?
#all files are in a chromosome order from 001 to 022
vcfFiles = $(<vcflist.txt)
vcFileIndex = $(<vcfindex.txt)
chrom=${1..22}
SAIGEoutputFile=$(<outputlist.txt)
Groupfile=$(<groupfile_list.txt)
Rscript step2_SPAtests.R \
--vcfFile=${vcfFiles} \
--vcfFileIndex=${vcFileIndex}\
--vcfField=GT \
--chrom=${chrom} \
--minMAF=0 \
--minMAC=0.5 \
--maxMAFforGroupTest=0.01 \
--sampleFile=./input/samplelist.txt \
--GMMATmodelFile=./output/example_quantitative.rda \
--varianceRatioFile=./output/example_quantitative_cate.varianceRatio.txt \
--SAIGEOutputFile=${SAIGEoutputFile} \
--numLinesOutput=1 \
--groupFile=${Groupfile} \
--sparseSigmaFile=./output/example_quantitative_cate.varianceRatio.txt_relatednessCutoff_0.125.sparseSigma.mtx \
--IsSingleVarinGroupTest=TRUE
非常感谢
解决方法
为此您需要一个循环。看看这个:
for i in {1..22}; {
echo $i
}
输出将是:
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
可以使用您的命令完成相同的操作
for i in {1..22}; {
Rscript step2_SPAtests.R \
--vcfFile=chromosome$i.vcf.gz \
--vcfFileIndex=chromosome$i.vcf.gz.tbi \
--vcfField=GT \
--chrom=$i \
--minMAF=0 \
--minMAC=0.5 \
--maxMAFforGroupTest=0.01 \
--sampleFile=./input/samplelist.txt \
--GMMATmodelFile=./output/example_quantitative.rda \
--varianceRatioFile=./output/example_quantitative_cate.varianceRatio.txt \
--SAIGEOutputFile=chromsome${i}_output.txt \
--numLinesOutput=1 \
--groupFile=chromosome${i}_groupfile.tx \
--sparseSigmaFile=./output/example_quantitative_cate.varianceRatio.txt_relatednessCutoff_0.125.sparseSigma.mtx \
--IsSingleVarinGroupTest=TRUE
}
请注意,$i
中包含{}
的某个地方,这是因为$i_
-有效的变量名,但我们的var是$i
。
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