如何解决ddply / sum:一种查找列中每个类别的数量/数量的方法?
我有一个包含三列的数据集。这些列是“种类”,“亚属”,“ am76c_avg”和“ am76c_sd”。总体目标是找到标准偏差和标准误差。为了找到标准误差,我需要有一个N值,该值将是我拥有的每个亚门的计数。
这是我到目前为止拥有的脚本
ddply(suba76_dataset,.(Subphylum),summarize,am76c_avg=mean(alphaMannanase76_count,na.rm = TRUE),am76c_sd=sd(alphaMannanase76_count,N = as.character(sum("Subphylum")))
这是我收到的错误
Error in sum("Subphylum") : invalid 'type' (character) of argument
我也尝试过此操作并收到一张桌子,但是看起来像这样
group_by=as.character("Subphylum") )
Subphylum am76c_avg am76c_sd N
1 Agaricomycotina 1.2105263 1.6227935 Subphylum
2 Chytridiomycota 0.0000000 NA Subphylum
3 Cryptomycota 0.0000000 NA Subphylum
4 Entomophthoromycotina 0.0000000 NA Subphylum
5 Glomeromycota 0.0000000 NA Subphylum
6 Glomeromycotina NaN NA Subphylum
7 Kickxellomycotina 0.0000000 NA Subphylum
8 Mortierellomycotina NaN NA Subphylum
9 Mucoromycotina 0.0000000 0.0000000 Subphylum
10 Pezizomycotina 7.8184524 2.4819685 Subphylum
11 Pucciniomycotina 3.1666667 2.2286020 Subphylum
12 Saccharomycotina 3.5714286 1.6035675 Subphylum
13 Taphrinomycotina 3.1666667 1.7224014 Subphylum
14 Ustilaginomycotina 0.5714286 0.5345225 Subphylum
15 <NA> 0.0000000 0.0000000 Subphylum
每个亚类中都有很多个体。而且我必须知道每个子门中有多少个,才能找到标准误差。预先谢谢你!
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