我的r闪亮应用需要在dockerfile中使用odbc驱动程序

如何解决我的r闪亮应用需要在dockerfile中使用odbc驱动程序

我正在制作一个R Shiny应用程序，该应用程序使用DBI和odbc调用数据库（SQL Server）并显示一个表。我的应用程序可以在本地计算机上完美运行。但是，当我尝试将闪亮的应用程序进行docker化时，它只是无法启动。不知道为什么那行不通。

我觉得我可能需要在dockerfile中安装odbc驱动器。也许我还想念其他东西...

我是Docker的新手。如果有人可以展示如何修改我的dockerfile，使我闪亮的应用程序也可以用作docker容器，则请赞赏一下。

以下是我的dockerfile：

# Base image https://hub.docker.com/u/rocker/
FROM rocker/shiny:latest

# system libraries of general use
RUN apt-get update -qq && apt-get -y --no-install-recommends install \
    libxml2-dev \
    libcairo2-dev \
    libsqlite3-dev \
    libmariadbd-dev \
    libpq-dev \
    libssh2-1-dev \
    unixodbc-dev \
    libcurl4-openssl-dev \
    libssl-dev

## update system libraries
RUN apt-get update && \
    apt-get upgrade -y && \
    apt-get clean

# Install R packages that are required
RUN R -e "install.packages(c('dplyr','DT','DBI','odbc'),repos='http://cran.rstudio.com/')"
    
# Copy configuration files into the Docker image
COPY shiny-server.conf  /etc/shiny-server/shiny-server.conf
COPY /app /srv/shiny-server/

# Make the ShinyApp available at port 80
EXPOSE 80

# Copy further configuration files into the Docker image
COPY shiny-server.sh /usr/bin/shiny-server.sh

CMD ["/usr/bin/shiny-server.sh"]

下面是我发亮的ui.r：

ui <- fluidPage(
    
    titlePanel("Database table"),sidebarLayout(
        sidebarPanel(),mainPanel(
            fluidRow (
                column(12,DT::dataTableOutput('datatable')) )
        )
    )
)

我的服务器。r

server <- function(input,output,session) {
    conn <- DBI::dbConnect(odbc::odbc(),Driver = "ODBC Driver 17 for SQL Server",Server = 'xxxxxx',Database = "xxxxxx",UID = "xxxxxx",PWD = 'xxxxxxx',port=1433)
    df = dbGetQuery(conn,"SELECT * FROM myTable")
    dbDisconnect(conn)    
    output$datatable <- DT::renderDataTable({
        DT::datatable(df)
    })
}

global.r：

library(shiny)
library(DBI)
library(odbc)
library(dplyr)
library(DT)

解决方法

如果抛出类似“ SQL Server的ODBC驱动程序17”之类的错误，则可能是您尚未在Dockerfile中安装ODBC驱动程序。

我遇到了同样的问题，但是将其放入我的Dockerfile：https://community.rstudio.com/t/odbc-drivers-docker/32714时，它为我解决了。

我仍然认为我们没有足够的信息（这是不理想的，因为我们看不到具体的错误消息来确认这是Docker容器与SQL Server之间的连接问题），但是我会陈述我的假设并试一试。

您提到，您的堆栈在本地运行时没有问题，仅当您将R应用程序移动到无法使用的容器中时。这使我认为您的SQL Server实例在本地运行。

再一次很难像server.r中那样确定。您已经检查了数据库端点（Server = 'xxxxxx',）。如果它是外部端点，则对其进行审查是有意义的，但是，如果它是内部/本地主机地址，则可能会有用。

我不熟悉此堆栈，但据我所读，您在ODBC方面做得正确：您安装了系统软件包，安装了R库，并包括了R库。看这篇文章似乎应该是正确的：https://nhsrcommunity.com/blog/sql-server-database-connections-in-r/

所以，我的理论是，尽管您的服务器配置位于Docker容器中（它们不再共享相同的环回/本地主机！），但仍然指向localhost或127.0.0.1。

因此，请尝试将server.r数据库端点更新为Server = 'host.docker.internal',

我认为这是一个很好的机会，有关将Docker容器连接到主机服务的更多信息，请参阅此线程：https://stackoverflow.com/a/24326540/3080207，host.docker.internal应该可以，但是我认为这可能取决于您正在运行的操作系统以及您正在运行的Docker版本。

如果我的成绩超出标准，请提供更多信息：）

我的r闪亮应用需要在dockerfile中使用odbc驱动程序

如何解决我的r闪亮应用需要在dockerfile中使用odbc驱动程序

解决方法

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