R.符合条件的示例行在一个值范围内随机；在另一个值范围内固定 数据

如何解决R.符合条件的示例行在一个值范围内随机；在另一个值范围内固定 数据

我有一个像这样的数据框A：

SNP X Y
rs1 5 aa
rs2 1 bb
rs3 6 aa
rs4 2 bb
rs7 11 ft
rs8 3 hg
rs9 1.2 ff
rs10 2.2 cc
rs11 2.2 yh
rs362 3.2 hyu

使用R，我想对以下2个条件的行进行采样：（1）将所有行的值保持在X> = 5； （2）随机抽样而不替换X> 0和X

SNP X Y
rs1 5 aa
rs2 1 bb
rs3 6 aa
rs7 11 ft
rs9 1.2 ff
rs362 3.2 hyu

我正在尝试类似的事情：

A.1 = A[A$X >= 5,]
B.2 = A[sample(nrow(A),2),]

解决方法

我们可以使用Valid函数：

which

set.seed(1) # reproducible d[c(which(d$X >= 5),sample(which(d$X > 0 & d$X < 5),2)),] SNP X Y 1 rs1 5.0 aa 3 rs3 6.0 aa 5 rs7 11.0 ft 2 rs2 1.0 bb 7 rs9 1.2 ff 在数据中找到which(d$X >= 5)所在的行。然后，我们再次使用X >= 5查找其中X > 0 & X < 5的行，并从这些行中找到which 2。然后，我们将这两个行索引向量连接在一起。

数据

sample

,

使用dplyr可以按照以下步骤进行操作：

library(dplyr)

A.1 <- A %>% filter(X >= 5)
B.2 <- A %>% anti_join(A.1) %>% slice_sample(n = 2)
#For dplyr < 1.0.0 use sample_n
#B.2 <- A %>% anti_join(A.1) %>% sample_n(2)
A.1
#  SNP  X  Y
#1 rs1  5 aa
#2 rs3  6 aa
#3 rs7 11 ft

B.2
#   SNP   X  Y
#1 rs11 2.2 yh
#2  rs2 1.0 bb

A.1具有X >= 5所在的所有行。然后，我们使用anti_join从A中获取的A.1中所有行，并从中采样2行。如果要合并两个数据帧，可以使用bind_rows(A.1,B.2)。