如何解决如何使用python命令将Jupyter Notebook输出保存在文件中？
我试图将Jupyternotebook'npsmiles_descriptors.py'的输出保存到文本文件中，以便其他应用程序可以使用它。 任何人都可以通过指出我上一个命令中的错误来帮助我。我收到语法错误。
我试图将Jupyternotebook'npsmiles_descriptors.py'的输出保存到文本文件中，以便其他应用程序可以使用它。 任何人都可以通过指出我上一个命令中的错误来帮助我。我收到语法错误。
df1 = df['smiles']
print(df['smiles'])
0 O1[C@@H]2C[C@H](O)[C@@]3([C@H]([C@H](OC(=O)c4...
1 OC[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CCCCC)...
2 O1[C@@H](C[C@H](O)\C=C/[C@@H]([C@H](O)[C@H](\...
3 O1[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O...
4 O1[C@@H]([C@H](C[C@@H](C)[C@]1(O)CO)C)[C@@H]1...
5 P(O[C@H]1[C@H](O[C@@]2(O[C@@H](C\C=C\c3nc(oc3...
6 O1[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1n1c2NC=[N...
7 O1[C@H]2[C@@H](CC[C@@]3(O[C@]34[C@@H]2C(=CC4)...
8 O1[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1n1cnc(C(=...
9 O1[C@@]2(C)[C@@](O)([C@@]3([C@@H]([C@H](O)[C@...
10 S(=O)(=O)([O-])N1C[C@](OC)(NC(=O)C)C1=O
11 S1[C@H]2N(C(C(=O)[O-])=C(C1)COC(=O)N)C(=O)[C@...
12 O1[C@@H]2C[C@@]3(O[C@H]([C@H](CC)C)[C@H](C=C3...
13 O1[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H]([NH3+])C[C@@H]1O[C...
14 O=C1[C@]2(O)[C@@H](C=C1C)[C@]1(O)[C@H]([C@H]3...
15 S(CC[NH3+])C=1C[C@H]2N(C=1C(=O)[O-])C(=O)[C@@...
16 O=C1N(C)[C@@H]([C@H](O)[C@@H](C\C=C\C)C)C(=O)...
17 O1[C@H](/C(=C/[C@H]2C[C@@H](OC)[C@H](O)CC2)/C...
18 O1C[C@H]1C(=O)CCCCC[C@@H]1NC(=O)[C@@H]2N(CCC2...
19 O(C)c1cc2N([C@@H]3[C@]4([C@H]5[NH+](CC=C[C@@]...
20 O(C)C1=CC=C2c3c(cc(OC)c(OC)c3OC)CC[C@H](NC(=O...
21 O=C([C@@H](\C=C(\C=C\C(=O)N[O-])/C)C)c1ccc(N(...
22 O1[C@](C)([C@H]2[C@H](OC)[C@H](OC(=O)\C=C\C=C...
23 O1[C@H]2n3c4c(c5c(CNC5=O)c5c6c(n(c45)[C@]1(C)...
24 O1[C@H](CC)[C@](O)(C)[C@H](O)[C@@H](C)C(=O)[C...
25 O1[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]([NH2+]C)[C...
26 S1[C@H]2N([C@@H](C(=O)[O--])C1(C)C)C(=O)[C@H]...
27 O=C(N[C@@H](O)C(=O)NCCCC[NH2+]CCC[NH3+])C[C@@...
28 O1[C@@H](CC(=O)[C@@H](\C=C(/C)\[C@@H](O)[C@@H...
29 Oc1ccc(cc1)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1NC(=O)[C@H...
30 O1[C@@H]2[C@@](O)([C@]34O[C@@H]5OC(=O)[C@H](O...
31 Clc1c2Oc3cc4[C@@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](N...
32 O1[C@@H](C)[C@H](C)[C@H](O)[C@H](\C=C\C=C\C=C...
33 Clc1c2c(C(O[C@@H](C[C@H]3O[C@@H]3/C=C\C=C\C(=...
34 O1[C@H](C[C@@H](O)[C@H](C\C=C\Cc2c(C1=O)c(O)c...
35 S1C2=N[C@H](c3oc(c(n3)-c3oc(c(n3)-c3occ(n3)-c...
36 O1c2c3c4c(c(O)c2C)c(O)c(NC(=O)/C(=C\C=C\[C@H]...
37 O1[C@@H](C[C@H](OC)[C@@H](O)CC\C=C(\C=C\[C@H]...
38 O1[C@@H](C\C=C\C=C\[C@H](O)[C@@H](C[C@H](CC=O...
39 O1[C@@]2(C(=O)[O-])[C@](O)(C(O)=O)[C@H](O[C@]...
40 O1C[C@H](CO)[C@@H](O)C[C@]12OC[C@@H](CC2)CCS
41 ClC(\C=C\[C@@H](O)CC(C[C@H]1O[C@H]2[C@H](O)[C...
42 O1[C@@H]2[C@H](O[C@@]3([C@H](O[C@@H]4[C@H](O[...
43 O(C)c1cc2c(nccc2[C@@H](O)[C@H]2[N@@H+]3C[C@@H...
44 O1C[C@H](N=C1c1ccccc1O)C(=O)N[C@@H](CCCCN([O-...
45 O(C)c1c(OC)c2[nH]c(cc2cc1OC)C(=O)N1C=2[C@]3([...
46 [S+](CCCNC(=O)c1nc(sc1)-c1nc(sc1)CCNC(=O)[C@@...
47 O1[C@H](CCC\C=C\[C@H]2[C@@H](C[C@@H](O)C2)[C...
48 O1[C@@]23[C@@H]([C@H](C)C(=C)[C@@H](O)[C@@H]2...
49 s1cc(nc1C)\C=C(/C)\[C@H]1OC(=O)C[C@H](O)C(C)(...
50 S(C(=O)[C@@]1(NC(=O)[C@H](C)[C@@H]1O)[C@@H](O...
51 Ic1c(C)c(C(S[C@@H]2[C@H](O[C@@H](ON[C@H]3[C@H...
52 O1[C@@H]2O[C@@]3(OO[C@]24[C@@H](CC[C@H]([C@@H...
53 O1[C@@H](C[C@@H](O)CC1=O)CC[C@@H]1[C@@H]2C(C=...
54 O1[C@@H](C[C@@H](OC(=O)[C@@H](NC=O)CC(C)C)C\C...
55 O1[C@@H](C[C@H]2CO[C@@H](C\C(=C\C(OCCCCCCCCC(...
56 O1[C@H](C)[C@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](NC(=...
57 O=C(N[C@@H](CC(C)C)C(=O)[O-])[C@@H](O)[C@H]([...
58 OC/C(=C\CC\C(=C\CO)\C)/CC\C=C(\CC\C=C(\C)/C)/C
59 O(C)C1=C2C[C@H](C[C@H](OC)[C@H](O)[C@H](\C=C(...
Name: smiles,dtype: object
python npsmiles_descriptors.py > out.txt
File "<ipython-input-35-e13d177d9791>",line 1
python npsmiles_descriptors.py > out.txt
^
SyntaxError: invalid syntax
解决方法
改为使用!python npsmiles_descriptors.py > out.txt。 !<command line command>是速记
import os
os.system("<command line command>")
在Jupyter笔记本中。
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