在Ubuntu上安装软件包需要很长时间

如何解决在Ubuntu上安装软件包需要很长时间

我当时使用Windows作为Windows的OS和RStudio，今天切换到Ubuntu，并再次安装了R和RStudio。当我尝试使用tidyverse从CRAN（仅install.packages()！）安装某些软件包时，在控制台上看到了一些我在Windows上从未见过的东西，看起来像这样；

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** package ‘data.table’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
gcc -std=gnu99 9.3.0
zlib 1.2.11 is available ok
OpenMP supported
** libs
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-5iUtQS/r-base-4.0.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c assign.c -o assign.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-5iUtQS/r-base-4.0.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c between.c -o between.o

...

然后继续进行，安装过程所需的时间比我在Windows上遇到的时间长得多。（tidyverse包含大约七个软件包，耗时30分钟）

这正常吗？如果不是，我该怎么解决？

解决方法

有助于解决问题的评论摘要。

通常，Linux中的默认安装方法是type="source"，这意味着任何具有非R源代码（例如C ++，Fortran）的软件包都需要编译。此外，CRAN及其所有存储库镜像仅提供二进制包Windows和MacOS。

看来有两种方法可以在Linux上安装二进制软件包，而不是默认软件包：

@duckmayr的阅读https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html的建议（其他Linux发行版也存在类似的页面）确定了如何设置CRAN2deb4ubuntu PPA，以便可以进行OS级软件管理apt （和相关工具）。这些ubuntu / debian软件包维护得很好，并且是最新的，尽管更新的频率不如CRAN服务器的直接更新。

但是，除了长时间运行的R命令install.packages("tidyverse")以外，您只需运行此命令即可进行二进制安装，效果相同：
```
$ sudo apt-get install r-cran-tidyverse
```
不幸的是，PPA并不包括提供给CRAN的每个贡献软件包（因为这将在PPA维护者方面付出巨大的努力，试图跟上CRAN每天对新软件包和软件包更新的冲击...单独测试听起来让人望而却步）。（建议的数量是PPA中的4000多个软件包，而CRAN的16,278个软件包中（截至30秒前）。
RStudio的Public Package Manager是资源库场景中最近增加的一项。在最近的博客文章中，RStudio宣布它具有（至少）三个基本功能：
- 通过install.packages ...
- CRAN的历史检查点可实现可重复的工作...
- 扩展了Windows对旧版本R的支持...
（这只是博客文章的一小部分快照，建议您阅读原始文章以获取更多详细信息和上下文。）

快速搜索（针对Ubuntu 20.04 Focal的软件包）显示：15,217个二进制软件包和16,216个源软件包。

从RStudio的"Setup"页浏览，对于Ubuntu 20.04 Focal，您可以使用以下方式将其设置为存储库
```
options(repos = c(PkgMgr="https://packagemanager.rstudio.com/all/__linux__/focal/latest"))
```
（我将其命名为“ PkgMgr”，这是任意的。您可能希望/需要更多存储库，请参见?options和?setRepository。这只是一个示例，为方便起见而提供；请转到RStudio的文档，了解如何为您的安装设置R。）

在Ubuntu上安装软件包需要很长时间

如何解决在Ubuntu上安装软件包需要很长时间

解决方法

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