如何在R函数之间传递参数?

如何解决如何在R函数之间传递参数?

我有2个小功能(DoAnalysis()ProcessRes())和1个最终功能(PerformSim()),它们将调用这2个小功能。下面列出了详细的示例函数。

每个函数都包含一个唯一的参数(不重叠的参数):

  • 函数PerformSim()包含1个唯一参数nsim;
  • 函数DoAnalysis()包含1个唯一参数obj;
  • 函数 ProcessRes()包含1个唯一参数results

对于其余的参数,函数DoAnalysis()具有完整的集合,函数DoAnalysis()包含函数DoAnalysis()的参数的子集,因此,函数PerformSim()需要包含调用两个函数DoAnalysis()ProcessRes()的信息。

下面的代码不起作用,因为我不确定如何在函数之间正确传递参数。

请帮助,并非常感谢您的帮助。

library(purrr)
DoAnalysis <- function(obj,nS1 = 40,nS2 = 40,nS3 = 20,cutoff) {

    cumS2 <- nS1 + nS2      ## this is the total number of patients at the end of Stage 2
    nmax  <- cumS2 + nS3    ## this is the total number of patients at the end of study

    ## compute number of events for 1st stage
    Res_n <- sum(obj[1:nS1]) ## this is the number of response in Stage 1

    ## compute number of events for 2nd stage
    Res_n2 <- sum(obj[1:cumS2]) ## this is the number of response in Stage 2

    ### Now,it is the final analysis
    Res_F <- sum(obj[1:nmax]) ## this is the number of response in Final

    list(Res_n,Res_n2,Res_F)
}

ProcessRes <- function(results,cutoff){
  part1 <- part2 <- part3 <- c()

  for (i in 1:length(results)){
     part1 <- as.vector(c(part1,results[[i]][[1]]))
     part2 <- as.vector(c(part2,results[[i]][[2]]))
  }
  resultsTypeI <- as.data.frame(cbind(part1,part2,part3))

  names(resultsTypeI) <- c("Res_n","Res_n2")

  resultsTypeI$fulFlag <- ifelse(resultsTypeI$Res_n2 < cutoff,1,0)
  R_1 <- mean(resultsTypeI$fulFlag)   

  return(c(R_1))
}

set.seed(20201022)

PerformSim <- function(nsim,cutoff = 26){
  ## this is the simulation  
  total <- nS1 + nS2 + nS3
  SimuTypeI <- map(1:nsim,~rbinom(total,0.4))
  results <- map(SimuTypeI,~DoAnalysis(.x))
  ProcessRes(results = results)
}
PerformSim(nsim = 1000)

解决方法

所有函数定义和参数看起来都不错,但是在PerformSim()函数定义中,您必须在cutoff中传递参数ProcessRes()。这样。

PerformSim <- function(nsim,nS1 = 40,nS2 = 40,nS3 = 20,cutoff = 26){
  ## this is the simulation  
  total <- nS1 + nS2 + nS3
  SimuTypeI <- map(1:nsim,~rbinom(total,1,0.4))
  results <- map(SimuTypeI,~DoAnalysis(.x))
  ProcessRes(results = results,cutoff)
}

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