如何计算粗略生存率的置信区间?

如何解决如何计算粗略生存率的置信区间?

我们假设我们有一个survfit对象,如下所示。

fit = survfit(Surv(data$time_12m,data$status_12m) ~ data$group)
fit

Call: survfit(formula = Surv(data$time_12m,data$status_12m) ~ data$group)

                   n events median 0.95LCL 0.95UCL
data$group=HF  10000   3534     NA      NA      NA
data$group=IGT    70     20     NA      NA      NA

fit 对象不显示CI。如何计算生存率的置信区间?应该使用哪个R软件包和代码?

解决方法

survfit的print结果按组给出了中位生存时间的保密间隔。我猜正在估计中位数时间的不适用值,因为您的小组没有足够的事件实际达到中位数生存率。您应该显示plot(fit)的输出,以查看我的猜测是否正确。

您可能会尝试绘制曲线,请注意plot.survfit函数确实具有围绕比例构建的置信区间选项:

plot(fit,conf.int=0.95,col=1:2)

请阅读?summary.survfit。这是通用summary函数的一类,程序包作者通常使用它们来传递参数估计值和置信区间。在那里,您将看到summary.survfit总结的不是“比率”,而是生存率的估计值。这些比例可以是中位数(在这种情况下,估计是在时间范围内),也可以是特定时间的估计(在这种情况下,估计是比例的。)

如果您确实想要利率,则可以使用针对该模型设计的功能,也许使用?survreg。比较在提供的数据集survreg上使用survfitovarian所获得的收益:

> reg.fit <- survreg( Surv(futime,fustat)~rx,data=ovarian)
> summary(reg.fit)

Call:
survreg(formula = Surv(futime,fustat) ~ rx,data = ovarian)
             Value Std. Error     z       p
(Intercept)  6.265      0.778  8.05 8.3e-16
rx           0.559      0.529  1.06    0.29
Log(scale)  -0.121      0.251 -0.48    0.63

Scale= 0.886 

Weibull distribution
Loglik(model)= -97.4   Loglik(intercept only)= -98
    Chisq= 1.18 on 1 degrees of freedom,p= 0.28 
Number of Newton-Raphson Iterations: 5 
n= 26 

#-------------

> fit <- survfit( Surv(futime,data=ovarian)
> summary(fit)
Call: survfit(formula = Surv(futime,data = ovarian)

                rx=1 
 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
   59     13       1    0.923  0.0739        0.789        1.000
  115     12       1    0.846  0.1001        0.671        1.000
  156     11       1    0.769  0.1169        0.571        1.000
  268     10       1    0.692  0.1280        0.482        0.995
  329      9       1    0.615  0.1349        0.400        0.946
  431      8       1    0.538  0.1383        0.326        0.891
  638      5       1    0.431  0.1467        0.221        0.840

                rx=2 
 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
  353     13       1    0.923  0.0739        0.789        1.000
  365     12       1    0.846  0.1001        0.671        1.000
  464      9       1    0.752  0.1256        0.542        1.000
  475      8       1    0.658  0.1407        0.433        1.000
  563      7       1    0.564  0.1488        0.336        0.946

如果我使用“指数”而不是“ weibull”作为分布类型,可能会更容易。指数拟合具有一个估计的参数,并且更容易反变换以给出比率的估计。

注意:我回答了一个关于survfit的较早的问题,尽管请求是为了生存时间而不是比率。 Extract survival probabilities in Survfit by groups

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。

相关推荐


依赖报错 idea导入项目后依赖报错,解决方案:https://blog.csdn.net/weixin_42420249/article/details/81191861 依赖版本报错:更换其他版本 无法下载依赖可参考:https://blog.csdn.net/weixin_42628809/a
错误1:代码生成器依赖和mybatis依赖冲突 启动项目时报错如下 2021-12-03 13:33:33.927 ERROR 7228 [ main] o.s.b.d.LoggingFailureAnalysisReporter : *************************** APPL
错误1:gradle项目控制台输出为乱码 # 解决方案:https://blog.csdn.net/weixin_43501566/article/details/112482302 # 在gradle-wrapper.properties 添加以下内容 org.gradle.jvmargs=-Df
错误还原:在查询的过程中,传入的workType为0时,该条件不起作用 &lt;select id=&quot;xxx&quot;&gt; SELECT di.id, di.name, di.work_type, di.updated... &lt;where&gt; &lt;if test=&qu
报错如下,gcc版本太低 ^ server.c:5346:31: 错误:‘struct redisServer’没有名为‘server_cpulist’的成员 redisSetCpuAffinity(server.server_cpulist); ^ server.c: 在函数‘hasActiveC
解决方案1 1、改项目中.idea/workspace.xml配置文件,增加dynamic.classpath参数 2、搜索PropertiesComponent,添加如下 &lt;property name=&quot;dynamic.classpath&quot; value=&quot;tru
删除根组件app.vue中的默认代码后报错:Module Error (from ./node_modules/eslint-loader/index.js): 解决方案:关闭ESlint代码检测,在项目根目录创建vue.config.js,在文件中添加 module.exports = { lin
查看spark默认的python版本 [root@master day27]# pyspark /home/software/spark-2.3.4-bin-hadoop2.7/conf/spark-env.sh: line 2: /usr/local/hadoop/bin/hadoop: No s
使用本地python环境可以成功执行 import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt # 设置字体 plt.rcParams[&#39;font.sans-serif&#39;] = [&#39;SimHei&#39;] # 能正确显示负号 p
错误1:Request method ‘DELETE‘ not supported 错误还原:controller层有一个接口,访问该接口时报错:Request method ‘DELETE‘ not supported 错误原因:没有接收到前端传入的参数,修改为如下 参考 错误2:cannot r
错误1:启动docker镜像时报错:Error response from daemon: driver failed programming external connectivity on endpoint quirky_allen 解决方法:重启docker -&gt; systemctl r
错误1:private field ‘xxx‘ is never assigned 按Altʾnter快捷键,选择第2项 参考:https://blog.csdn.net/shi_hong_fei_hei/article/details/88814070 错误2:启动时报错,不能找到主启动类 #
报错如下,通过源不能下载,最后警告pip需升级版本 Requirement already satisfied: pip in c:\users\ychen\appdata\local\programs\python\python310\lib\site-packages (22.0.4) Coll
错误1:maven打包报错 错误还原:使用maven打包项目时报错如下 [ERROR] Failed to execute goal org.apache.maven.plugins:maven-resources-plugin:3.2.0:resources (default-resources)
错误1:服务调用时报错 服务消费者模块assess通过openFeign调用服务提供者模块hires 如下为服务提供者模块hires的控制层接口 @RestController @RequestMapping(&quot;/hires&quot;) public class FeignControl
错误1:运行项目后报如下错误 解决方案 报错2:Failed to execute goal org.apache.maven.plugins:maven-compiler-plugin:3.8.1:compile (default-compile) on project sb 解决方案:在pom.
参考 错误原因 过滤器或拦截器在生效时,redisTemplate还没有注入 解决方案:在注入容器时就生效 @Component //项目运行时就注入Spring容器 public class RedisBean { @Resource private RedisTemplate&lt;String
使用vite构建项目报错 C:\Users\ychen\work&gt;npm init @vitejs/app @vitejs/create-app is deprecated, use npm init vite instead C:\Users\ychen\AppData\Local\npm-