如何解决clusterProfiler:ifabsmax.ES> absmin.ES{中的错误:需要TRUE / FALSE的缺少值
这是clusterProfiler软件包中的一个功能。 fc是倍数变化的载体,以ENTREZ基因ID命名。对于不同的输入向量,这种错误不会一直发生,仅在某些情况下会发生(我对此没有特别的注意)。向量中没有NA。谁能帮助我这个错误消息的含义是什么?如果您有解决方案,那就更好了。 错误消息:
C3=msigdbr(species = "Homo sapiens",category = "C3")
pid2gene=C3 %>% dplyr::select(gs_name,entrez_gene)
gse_Trans=GSEA(fc,TERM2GENE = wpid2gene,pvalueCutoff = 1,verbose=FALSE)
gse_Trans=setReadable(gse_Trans,'org.Hs.eg.db',keyType="ENTREZID")
Error in if (abs(max.ES) > abs(min.ES)) {: missing value where TRUE/FALSE needed
Traceback:
1. GSEA(fc,pvalueCutoff = cutoff,verbose = FALSE)
2. GSEA_internal(geneList = geneList,exponent = exponent,minGSSize = minGSSize,. maxGSSize = maxGSSize,eps = eps,pvalueCutoff = pvalueCutoff,. pAdjustMethod = pAdjustMethod,verbose = verbose,USER_DATA = USER_DATA,. seed = seed,by = by,...)
3. .GSEA(geneList = geneList,seed = seed,. USER_DATA = USER_DATA,...)
4. lapply(geneSets[res$ID],function(gs) gseaScores(geneSet = gs,. geneList = geneList,exponent = exponent))
5. FUN(X[[i]],...)
6. gseaScores(geneSet = gs,geneList = geneList,exponent = exponent)
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