如何解决我使用的命令正确吗?
我试图在终端上编写单行命令,以在一个很大的文件中计算所有唯一的“ gene-MIR” 。 “ gene-MIR” 后接一系列数字ex。 gene-MIR334223 , gene-MIR633235 , gene-MIR53453 ... etc ,并且存在多个相同的“ gene-MIR” gene-MIR342433 可能在脚本中显示 10x 。
我的问题是,如何编写一个命令来注释文件中存在的唯一“ gene-MIR”?
到目前为止,我一直在使用的命令是:
-
grep -c "gene-MIR" myfile.txt | uniq
-
grep "gene-MIR" myfile.txt | sort -u
第一个命令为我计数。但是,我相信它不包括“ MIR” 之后的数字系列,而只是计算本身存在多少“ gene-MIR” 。
谢谢!
[1]: https://i.stack.imgur.com/Y7EcD.png
解决方法
假设所有条目都位于单独的行中,请尝试以下操作:
grep "gene-MIR" myfile.txt | sort | uniq -c
如果条目与其他文本混合在一起,并且系统具有 GNU grep
,请尝试以下操作:
grep -o 'gene-MIR[0-9]*' myfile.txt | sort | uniq -c
要获取总数:
grep -o 'gene-MIR[0-9]*' myfile.txt | wc -l
,
如果您有这样的信息:
Inf1
Inf2
Inf1
Inf2
并且您想知道“ inf”种类的数量,因此始终需要首先对其进行排序。只有之后,您才能开始计数。
修改
我创建了一个类似的文件,其中包含请求者的注释中提到的示例,如下所示:
Nonsense
gene-MIR4232
gene-MIR2334
gene-MIR93284
gene-MIR4232
gene-MIR2334
gene-MIR93284
More nonsense
关于这一点,我已经应用了这两个命令,如问题中所述:
grep -c "gene-MIR" myfile.txt | uniq
结果为6,就像以下命令一样:
grep -c "gene-MIR" myfile.txt
为什么?这里的问题是“多少行包含字符串“ gene-MIR”?”。
这显然不是要求的信息。
另一个命令也不正确:
grep "gene-MIR" myfile.txt | sort -u
结果:
gene-MIR2334
gene-MIR4232
gene-MIR93284
说明:grep "gene-MIR" ...
的意思是:显示所有包含“ gene-MIR”的行| sort -u
的意思是:对显示的行进行排序,如果存在多个相同的实例,则仅显示其中之一。
这也不是请求者想要的。因此,我有以下建议:
grep "gene-MIR" myfile.txt | sort | uniq -c
结果如下:
2 gene-MIR2334
2 gene-MIR4232
2 gene-MIR93284
我想这是请求者正在寻找的东西。
是什么意思?
grep "gene-MIR" myfile.txt
:仅显示包含“ gene-MIR”的行| sort
:对显示的行进行排序。像这样,您会得到这样的中间结果:
gene-MIR2334
gene-MIR2334
gene-MIR4232
gene-MIR4232
gene-MIR93284
gene-MIR93284
| uniq -c
:将这些结果分组在一起,并显示每个实例的计数。
不幸的是,该示例选择不当,因为每个实例恰好发生两次。因此,为澄清起见,我创建了另一个“ myfile.txt”,如下所示:
Nonsense
gene-MIR4232
gene-MIR2334
gene-MIR93284
gene-MIR2334
gene-MIR2334
gene-MIR93284
More nonsense
我再次应用了相同的命令:
grep "gene-MIR" myfile.txt | sort | uniq -c
结果如下:
3 gene-MIR2334
1 gene-MIR4232
2 gene-MIR93284
在这里您可以更清楚地看到建议的命令是正确的。
...,您的下一个问题是:“是,但是可以对结果进行排序吗?”,我在上面回答:
grep "gene-MIR" myfile.txt | sort | uniq -c | sort -n
结果如下:
1 gene-MIR4232
2 gene-MIR93284
3 gene-MIR2334
玩得开心!
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