如何解决在ggsurvplot顶部添加散点
在调用ggsurvplot(...)
之后,我想叠加另一个包含两列df
和time
的数据帧survival
的一些点。我正在寻找完成此操作的提示。
编辑:以一些代码为例
require("survival")
require("survminer")
fit<- survfit(Surv(time,status) ~ sex,data = lung)
# Basic survival curves
ggsurvplot(fit,data = lung)
# Example points
x <- fit$time
y <- fit$n.risk
我如何将points(x,y)
叠加在ggsurvplot图上。
解决方法
ggplot
类型的对象是ggsurvplot()
返回的对象的一部分,可以寻址为$plot
:
ggplot1 <- ggsurvplot(fit,data = lung)$plot
您可以像处理普通ggplot
对象一样使用它,并添加其他图层。但是,对于您的特定示例,尚不清楚如何定义点的Y
坐标:fit$n.risk
是1到138之间的数字,而绘图处于0..1范围内。这是一个选项:
ggplot1 <- ggsurvplot(fit,data = lung)$plot
df1 <- data.frame(time=fit$time,nRisk=fit$n.risk,nRiskRel=fit$n.risk/max(fit$n.risk))
ggplot1 + geom_point(aes(x=time,y=nRiskRel),data = df1,alpha=0.5,size=3)
您可能要添加颜色等。
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