在RcppArmadillo中处理非常大和稀疏的矩阵 代码输出

如何解决在RcppArmadillo中处理非常大和稀疏的矩阵 代码输出

我正在尝试将对角矩阵W传递给Rcpp函数。问题是W的大小为1,000,000 x 1,000,(我认为)远远超出了Armadillo允许的限制(即使使用启用了ARMA_64BIT_WORD的C ++ 11编译器)。

由于W是对角矩阵,因此极为稀疏。因此,我首先生成了W的密集表示形式(使用Matrix包函数Diagonal)。然后,我将这些W的压缩表示形式传递给我的函数。我认为这可以解决任何内存问题。这是一个小例子:

C ++代码:

#define ARMA_64BIT_WORD 1
#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]

using namespace Rcpp;
using namespace arma;


// [[Rcpp::export]]
int test(sp_mat W){
  
  return 0;
  
}

R代码:

# define the diagonal matrix
nrows <- 1e6
W <- Matrix::Diagonal(nrows)

# call Rcpp function
test(W)

但是,尽管使用了压缩表示形式,我仍然会收到此错误。

error: SpMat::init(): requested size is too large; suggest to compile in C++11 mode and/or enable ARMA_64BIT_WORD

有什么方法可以处理W,以便可以将其传递到test并执行矩阵运算?

有人问类似的问题here。但是,我认为@Dirk提供的解决方案在这种情况下有效,因为与我的W相比,输入矩阵仍然很小。

解决方法

最初发布的代码实际上是正确的,但是以某种方式运行它的机器却不正确---有关详细信息,请参见上面的讨论。

作为附加组件,这是代码的略有编辑的版本,没有全局名称空间,实际访问矩阵(传递就足够了,这只是更显式的),并返回void。我们还添加了通常的“从R为我呼叫”技巧,可以使用Rcpp属性来完成。

代码

// lightly edited version of question,working fine for me
#define ARMA_64BIT_WORD 1
#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

// [[Rcpp::export]]
void spmatTest(arma::sp_mat M) {
  // show a simple access of matrix,// here we just sum elements on diagonal
  Rcpp::Rcout << "Sum of diag is "
              << arma::as_scalar(arma::sum(M.diag()))
              << std::endl;
}

/*** R
spmatTest( Matrix::Diagonal( 1e6 ))
spmatTest( Matrix::Diagonal( 1e7 ))
spmatTest( Matrix::Diagonal( 1e8 ))
*/

输出

R> Rcpp::sourceCpp("~/git/stackoverflow/64428776/answer.cpp")

R> spmatTest( Matrix::Diagonal( 1e6 ))
Sum of diag is 1e+06

R> spmatTest( Matrix::Diagonal( 1e7 ))
Sum of diag is 1e+07

R> spmatTest( Matrix::Diagonal( 1e8 ))
Sum of diag is 1e+08
R> 

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