如何解决snakemake中的命令行
我要使用以下命令行在文件夹中创建BAM文件列表:
ls *.bam > bam_list
但是,我想将其集成到snakemake中。这该怎么做?这是我尝试过的,但没有用:
rule bam_list:
input:
inlist ="dup/{sample}.bam"
output:
outlist = "dup/bam_list"
shell:
"""
ls {input.inlist} > {output.outlist}
"""
输出bam_list如下所示:
bob.bam
anne.bam
john.bam
解决方法
您可以完全跳过输入:
Route::post('/coins/delete/{coin}','CoinController@destroy')->name('coins.delete');
修改
rule bam_list:
output:
outlist = "dup/bam_list"
shell:
"""
ls *.bam > {output.outlist}
"""
对于更复杂的逻辑,您可能必须使用输入函数。
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