没有元数据的Dask read_parquet分区

如何解决没有元数据的Dask read_parquet分区

假设我有一个S3存储桶,其中存储了分区数据。如:

import pandas as pd
import dask.dataframe as dd

data_path = 's3://bucket/prefix'

df = pd.DataFrame({'lines': [0,1,1],'area': [1,20,20],'values': [0.1,0.2,1.1,1.2]})
dd.from_pandas(df,npartitions=2).to_parquet(data_path,partition_on=['lines','area'])

这将在s3中生成如下目录结构:

bucket/prefix
|__lines=0
   |__area=1
      |__ <file>
|__lines=1
   |__area=20
      |__ <file>
|__ _common_metadata
|__ _metadata

当我使用dask阅读此内容时,一切正常,因为我也使用dask保存了它

dd.read_parquet('s3://bucket/prefix').compute()

   values  lines    area
0   0.1      0      1
1   0.2      0      1
2   1.1      1      20
3   1.2      1      20

如何

我的实际数据是从外部生成的(通过redshift),并且不包括_metadata_common_metadata文件。这导致两个问题。

问题1

我必须在前缀下找到所有文件,否则会出错。这会导致错误:

dd.read_parquet('s3://bucket/prefix').compute()

~/anaconda3/envs/mars/lib/python3.7/site-packages/dask/dataframe/io/parquet/utils.py in _analyze_paths(file_list,fs,root)
    405     path_parts_list = [_join_path(fn).split("/") for fn in file_list]
    406     if root is False:
--> 407         basepath = path_parts_list[0][:-1]
    408         for i,path_parts in enumerate(path_parts_list):
    409             j = len(path_parts) - 1

IndexError: list index out of range

问题2

找到所有位于前缀下的文件,并给read_parquet提供列表之后,我没有得到分区列(行,区域),而只有values列:

subfiles = ['s3://bucket/prefix/lines=0/area=1/file','s3://bucket/prefix/lines=1/area=20/file']
dd.read_parquet(subfiles).compute()


values
0   0.1
1   0.2
2   1.1
3   1.2

关于如何在read_parquet中保持行为的任何想法,好像其中都包含图元文件,这样我就可以拥有分区列,并且也许不必在文件夹中找到所有子文件?

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