如何解决如何通过翻译R中的序列来获得完整的氨基酸名称?
我想翻译一个序列的前15个碱基,然后从中找到最后一个氨基酸的名称。我有我的fasta文件。 fasta文件用于人类基因组的MTHFR序列。
library("Biostrings")
myseq <- readDNAStringSet("sequence (1).fasta",format = "fasta")
head(myseq)
输出如下:
DNAStringSet object of length 1:
width seq names
[1] 20374 ATGACGATAAAGGCACG...AAACAAAAAAACTTGAC NC_000001.11:c118...
尝试获得我翻译的前15个氨基酸:
for(n in 1:15){translate(myseq,genetic.code = GENETIC_CODE)}
但是我认为这段代码在试图找到答案时是不正确的。
解决方法
const [{ basket },dispatch] = useStateValue();
return (
<div className="subtotal">
<CurrencyFormat
renderText={value => (
<>
<p>
Subtotal ({basket.length} items): <strong>{value}</strong>
</p>
<small className="subtotal__gift">
<input type="checkbox" />
This order contains a gift
</small>
</>
)}
decimalScale={2}
value={getBasketTotal(basket)}
displayType={"text"}
/>
,
使用您的示例:
library(Biostrings)
myseq <- DNAStringSet("ATGACGATAAAGGCACG")
这为您提供了前15个碱基对:
subseq(myseq[[1]],1,15)
15-letter "DNAString" instance
seq: ATGACGATAAAGGCA
并翻译为:
translate(subseq(myseq[[1]],15))
5-letter "AAString" instance
seq: MTIKA
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