如何解决使用 slurm 在多节点上使用 Mpirun 的主机文件
我有两个可执行文件,我想按以下方式运行: 对于每个节点,我想启动 N-1 个进程到 exe1 和 1 个 exe2
在以前的 slurm 系统上通过这样做:
#!/bin/bash -l
#SBATCH --job-name=XXX
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --mem=120GB
#SBATCH --time=04:00:00
module purge
module load intel/compiler/2020.1.217
module load openmpi/intel/4.0.5_2020.1.217
scontrol show hostname $SLURM_JOB_NODELIST | perl -ne 'chomb; print "$_"x1'> myhostall
scontrol show hostname $SLURM_JOB_NODELIST | perl -ne 'chomb; print "$_"x1'>>myhostall
mpirun --mca btl_openib_allow_ib 1 --report-bindings -hostfile myhostall -np 2 ./exe1 : -np 2 ./exe2
在这个例子中,我有两个节点,每两个任务/节点。因此,exe1 应该从每个节点有 1 个等级,对于 exe2 也是如此。
如果我说cat myhostall
:
come-0-12
come-0-13
come-0-12
come-0-13
但是在我的代码中,当使用 MPI_GET_PROCESSOR_NAME
打印处理器名称时,结果表明 exe1 都打印 come-0-12
并且 exe2 都打印 come-0-13
。
所以问题来了:
如何将每个节点的 N 个任务指定给 exe1 并将每个节点的 M 个任务指定给 exe2
解决方法
您可以指定 2 个主机文件,每个 exe 一个
例如
mpirun -np 2 --hostfile hostfile_1 exe1 : -np 2 --hostfile hostfile_2 exe2
在每个主机文件中,您可以指定每个 exe 将在每个节点上使用多少个插槽。
例如(在https://www.open-mpi.org/faq/?category=running#mpirun-hostfile处查看更多信息),如果您希望 exe1 和 exe2 从每个节点都有 1 个 CPU,则 hostfile_1 和 hostfile_2 可以是相同的,甚至可能是相同的文件:>
node1 slots=1
node2 slots=1
但是,如果 hostsfile_1 和 hostfile_2 包含相同的节点,mpirun 可能会重新分配任务,因为它“认为”更优化。
另一种方法是指定相同的主机文件并使用“--map-by node”指令(默认行为是“--map-by slot”),例如:
mpirun -hostfile hosts.txt -np 2 --map-by node ./exe1 : -hostfile hosts.txt -np 2 --map-by node ./exe2
hosts.txt 包含的位置:
node1 slots=2
node2 slots=2
在我的情况下给出(OpenMPI-4.0.4)
EXE1 from processor node1,rank 0 out of 4 processors
EXE1 from processor node2,rank 1 out of 4 processors
EXE2 from processor node1,rank 2 out of 4 processors
EXE2 from processor node2,rank 3 out of 4 processors
还可以潜在地使用 rankfiles(如果您使用 OpenMPI)来更明确地将任务绑定到特定的 CPU,但它可能有点麻烦...
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