Rscript & rstan 作为 cron 作业运行时的不同行为

如何解决Rscript & rstan 作为 cron 作业运行时的不同行为

我尝试定期运行 R 脚本来更新网页。从终端调用时，脚本运行良好：

/usr/local/bin/Rscript /Users/me/path/myscript.R

但是，如果我尝试将其作为 cron 作业运行，则会出现错误。我像这样将作业添加到 crontab：

46 10 * * * /usr/local/bin/Rscript '/Users/me/path/myscript.R'  >> '/Users/me/path/mylog.log' 2>&1

该脚本确实在 R 中运行，但由于错误而中止。具体来说，我使用 rstan 拟合了一些模型，并得到了初始化错误。 （该错误仅适用于某些模型，而其他模型仍然可以正常运行。）初始化值根据定义是有效的，但似乎没有正确使用。就像 rstan 在通过 cron 运行时以不同的方式（并且是错误的）进行数学运算。

无论是在终端中运行脚本还是作为 cron 作业运行，来自 R 的会话信息都是相同的。我的问题是，根据脚本的运行方式，还有什么可能会有所不同。作为 cron 作业运行时，rstan 是否可以使用不同版本的 C++？是否还需要设置其他路径才能使其正常工作？

更新：如果我在终端中使用 R CMD BATCH 运行该脚本，该脚本也有效，但如果我在 cron 作业中使用 R CMD BATCH 则无效。使用 launchd 会触发相同的问题。我还尝试使用 CmdStan 到 cmdstanr，同样的事情发生了：在添加到 cron 作业之前运行良好。

编辑 2：我认为在 cron 中运行良好的模型实际上并不好。结果是错误的，直到我使用了下面解释的修复程序。

解决方法

看来我终于设法解决了这个问题，我将在这里发布我的解决方案，供遇到相同问题的任何人使用。

我在终端中运行 env 以查看我当前的用户环境。我将完整的输出复制粘贴到我的 crontab 文件的顶部。 （简单地添加 PATH 变量是不够的。我想是 SHELL 或者 PATH 和 SHELL 都起到了作用，但我没有进一步探讨这一点。）

为了编辑我用户的 crontab，我运行 crontab -e，然后按 i 编辑文件，将 env 中的所有内容粘贴到文件顶部，按 {{ 停止编辑1}}，然后输入 ctrl + c 并按 Enter 退出。