如何解决ggarrange 生成一个空的 pdf 文件
我正在处理一个函数，它采用大数据框（36 行和 194 列）执行主成分分析，然后生成一个图列表，其中我有 26 个主成分的组合，总共 325 个，使用“expand.grid”。
我的问题是，当我使用来自 ggpubr 的 ggarrange() 将所有图合并到一个 pdf 文件中时，该文件为空。
我的代码：
a = 26
row.pairs = 325
PC.Graph <- function(df,col1,col2,tag,id){
df1 <- df[,-c(col1:col2)]
pca <- prcomp(df1,scale. = T)
pc.summ <- summary(pca)
a <- sum(pc.summ$importance[3,] < 0.975)
b <- c(1:a)
pc.grid <- expand.grid(b,b)
pc.pairs <- pc.grid[pc.grid$Var1 < pc.grid$Var2,]
row.pairs <- nrow(pc.pairs)
components <- c(1:row.pairs)
S.apply.FUN <- function(x){
c <- sapply(pc.pairs,"[",x,simplify = F)
pcx <- c$Var1
pcy <- c$Var2
df2 <- df
row.names(df2) <- df[,tag]
name = paste("PCA_",pcx,"_vs_",pcy)
autoplot(pca,data = df2,colour = id,label = T,label.repel = T,main = name,x = pcx,y = pcy)
}
all.plots <- Map(S.apply.FUN,components)
pdf(file = "All_PC.pdf",width = 50,height = 70)
print(ggarrange(all.plots))
dev.off()
}
PC.Graph(Final_DF,col1 = 1,col2 = 5,tag = "Sample",id = "Maturation")
解决方法
您必须将绘图列表传递给 ggarrange，但我不确定您是否会从 PDF 文件的绘图区域中获得任何有用的绘图，因此我建议您将绘图列表拆分为多个块（例如 20) 并将它们绘制到多个页面。
具体来说，我会从您的 all.plots 函数中导出 PC.Graph（并删除在那里写入 PDF 的代码）。
我还会将 expand.grid(b,b) 更改为 t(combn(b,2))，因为您不需要将 PC 组合绘制两次。
然后我会做这样的事情：
# export the full list of plots
plots <- PC.Graph(Final_DF,col1 = 1,col2 = 5,tag = "Sample",id = "Maturation")
# split the plotlist
splitPlots <- split(plots,ceiling(seq_along(plots)/20))
plotPlots <- function(x){
out <- cowplot::plot_grid(plotlist = x,ncol = 5,nrow = 4)
plot(out)
}
pdf(file = "All_PC.pdf",width = 50,height = 45)
lapply(splitPlots,plotPlots)
dev.off()
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