bootMer CI 的问题：上限和下限相同

如何解决bootMer CI 的问题：上限和下限相同

我最难为我的 glmer 泊松模型生成置信区间。在遵循了几个非常有用的教程（例如 https://drewtyre.rbind.io/classes/nres803/week_12/lab_12/）以及 stackoverflow 帖子之后，我不断得到非常奇怪的结果，即 CI 的上限和下限相同。

这是一个可重复的示例，其中包含一个名为“生产”的响应变量、一个名为“Treatment_Num”的固定效应和一个名为“基因型”的随机效应：

df1 <- data.frame(production=c(15,12,10,9,6,8,5,3,2,1,0),Treatment_Num=c(1,4,4),Genotype=c(1,2))

#运行 glmer 模型

df1_glmer <- glmer(production ~ Treatment_Num +(1|Genotype),data = df1,family = poisson(link = "log"))

#制作一个空数据集进行预测，其中包含解释变量但没有响应

require(magrittr)
df_empty <- df1 %>%
  tidyr::expand(Treatment_Num,Genotype)

#创建包含预测的新列

df_empty$PopPred <- predict(df1_glmer,newdata = df_empty,type="response",re.form = ~0)

#bootMer 函数

myFunc_df1_glmer <- function(mm) {
  predict(df1_glmer,re.form=~0)
}

#run bootMer

require(lme4)
    merBoot_df1_glmer <- bootMer(df1_glmer,myFunc_df1_glmer,nsim = 10)

#从中获取置信区间

predCL <- t(apply(merBoot_df1_glmer$t,MARGIN = 2,FUN = quantile,probs = c(0.025,0.975)))

#将置信区间的上下限输入df_empty

df_empty$lci <- predCL[,1]
df_empty$uci <- predCL[,2]

#查看 df_empty 时，问题就很明显了：lci 和 uci 是相同的！

df_empty

您能给我的任何见解将不胜感激！

解决方法

忽略我的意见！

问题在于您创建的传递给 <MyComponent/> 的函数。您写道：

bootMer()

参数 myFunc_df1_glmer <- function(mm) { predict(df1_glmer,newdata = df_empty,type="response",re.form=~0) } 应该是从引导数据派生的拟合模型对象。 但是，你不把这个对象传递给mm，而是原始模型 目的。如果更改的功能：

predict()

然后它工作：

myFunc_df1_glmer <- function(mm) {
  predict(mm,re.form=~0)
         #^^ pass in the object created by bootMer 
}

顺便说一句 - 您的实际数据有多少基因型？如果少于5-7你可能 做的更好使用直线上升> df_empty # A tibble: 8 x 5 Treatment_Num Genotype PopPred lci uci <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> 1 1 1 12.9 9.63 15.7 2 1 2 12.9 9.63 15.7 3 2 1 5.09 3.87 5.89 4 2 2 5.09 3.87 5.89 5 3 1 2.01 1.20 2.46 6 3 2 2.01 1.20 2.46 7 4 1 0.796 0.361 1.14 8 4 2 0.796 0.361 1.14 基因型的一个因素使用金额到零 反差。