如何在 SLURM 提交的 SBATCH 脚本中调用 Perl 脚本？

如何解决如何在 SLURM 提交的 SBATCH 脚本中调用 Perl 脚本？

我收到了一个 Perl 脚本，它显然是从 SBATCH 脚本调用的，要作为作业提交给 SLURM 管理的计算机集群。脚本很旧，我还没有对 Perl 更加熟悉。此外，Perl 脚本被用作包装器以调用带有 tools 的可执行文件。

但是每当我执行 mpiexec_mpt 时，Perl 脚本由计算机节点执行，但我没有获得 sbatch sbatch_submission 方法的任何输出或执行 - 或者我有但我不知道它在哪里。

我知道 Perl 是由 SBATCH 执行的，因为我收到一个错误，它找不到模块，所以我使用 system() 标志手动将 Perl 指向库路径，如下所示。但在那之后我没有得到任何输出。

SBATCH 脚本和 perl 脚本如下：

SBATCH 脚本

-l

PERL 输入

  1 #!/bin/bash
  2 #SBATCH --job-name=job_submission
  3 #SBATCH --output=output_perl.run
  4 #SBATCH --error=error_perl.run
  5 #SBATCH -n 2 # request 2 cores
  6 #SBATCH --constraint=intel
  7
  8 # Load Needed Modules:
  9 module load mpt
 10
 11 # Set-up environment for perl:
 12 
 13 
 14
 15 # Running perl script:
 16 echo "Calling simple hello_world.c with perl (sbatch)"
 17
 18 perl input_perl.pl 1> perl_in.stdout 2> perl_in.stderr # edit after 
                                                           # suggestions
 19 echo "Done with perl script (sbatch)"
 20

STDERR 的输出

  1 #!/usr/bin/perl -w
  2 use strict;
  3 use warnings;
  4 use diagnostics;
  5 use List::MoreUtils qw(indexes); ## edit after suggestions
  6 system("echo this is your hostname:");
  7 system("hostname");
  8 system("mpiexec_mpt -np 2 hello_world");
  9 print "Done executing hello world! from within perl script!\n"

除了输出文件上面的输出：perl.output 和 output_perl.run 是空的。

我怀疑我遗漏了一些关于 1 Can't locate List/MoreUtils.pm in @INC (@INC contains: /usr/lib64/perl5/vendor_perl/List /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl / usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 .) at input_perl.pl line 5. 方法在 Perl 中的适用性，以及如何告诉 Perl 在使用 slurm 时将其输出发送到哪里。我也试过用 Perl 脚本生成一个 .txt 文件，但是当我用 SBATCH 运行它时，没有生成 .txt 文件。我在不使用 SBATCH 脚本作为包装器的情况下运行 perl_input.pl 没有问题：例如：system()。

附加信息，hello_world 可执行文件是用 C 编写的，我已经对其进行了独立测试并且可以运行。它是一个简单的 MPI 程序，列出了等级和大小。不过我认为这不是问题。

Perl 和 C 脚本在本地独立运行，当我使用 SBATCH 时，问题就出现了。

解决方法

我不确定这是一个解决方案，但这对我有用。

1. 最终按照此处的说明重新安装了 perl：

https://learn.perl.org/installing/unix_linux.html

我在一个计算机集群上工作，所以我使用的 perl 安装可能会发生一些问题。导致问题的模块调用似乎已安装，但当我从 SBATCH 调用脚本时，perl 找不到它。

2. 我安装了我需要的模块：List::MoreUtils 如下：

perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'install List::MoreUtils'

链接：https://www.perlmonks.org/?node_id=1117597

3. 注销然后开始新的会话。新的 perl 安装来源一个 bashrc 文件，该文件会自动将 perl 版本更新为刚刚安装的版本。因此，无论何时运行 perl 脚本，都不会使用旧安装。

4. 之后，我将 PERL5LIB 变量设置为 MoreUtils 所在的路径，一切正常。