使用 MPI_Alltoallv 转置矩阵

如何解决使用 MPI_Alltoallv 转置矩阵

我想使用 MPI_Alltoallv 转置矩阵 b 并将其存储在 bt 中。

每个进程包含 b 的 nlocal 行。例如：

Proc0: 0 | 10 | 20 | 30

Proc0: 1 | 11 | 21 | 31

Proc1: 100 | 110 | 120 | 130

Proc1: 101 | 111 | 121 | 131

我希望 bt 是这样的：

Proc0: 0 | 1 | 100 | 101

Proc0: 10 | 11 | 110 | 111

Proc1: 20 | 21 | 120 | 121

Proc1：30 | 31 | 130 | 131

子矩阵存储在二维数组中（b[0] 包含第一行，b[1] 包含第二行）。 按照建议，我使用了 MPI_Alltoallv()。这是我所做的：

    int n=4; //matrix of size 4x4
    int nlocal=n/nbProc; // the submatrices are of size 2x4

    int sc[nbProc];
    int dis[nbProc];
    int rdis[nbProc];
    for(int i=0;i<nbProc;i++){
        sc[i]=1;
    }
for(int i=0;i<nlocal;i++){//loop on the b[i]
    for(int j=0;j<nlocal;j++){ //loop on the bt[j]
        for(int k=0;k<nbProc;k++){
            dis[k] = j+k*nlocal;
            rdis[k] = i+k*nlocal;
        }
        MPI_Alltoallv(b[i],sc,dis,MPI_INT,bt[j],rdis,MPI_COMM_WORLD);
    }
}

但是，我有 3 个循环，我想我可能会少一些。有什么问题吗？

解决方法

我找到了只调用一次 MPI_Alltoallv 的解决方案。所有子矩阵必须存储在一个向量中。但是不是存储 n 个第一个值，第一行，然后是 n 个下一个值，第二行等等......我们存储将进入第一个过程的 m 个值，接下来的 p 将进入第二个过程进程，等等...在我写的例子中，我们将有 buf = {0,10,1,11,20,30,21,31} 作为第一个进程。然后我们使用 MPI_Alltoallv 发送向量中的值（例如称为 buft），然后我们将这些值分布在矩阵中。

请注意，有两种方法可以将值存储在 buf 中。第二个是 buf={0,31}，我使用它是因为我认为它更容易实现，但想法保持不变。

此外，即使进程没有相同大小的子矩阵（例如，如果我们的 Proc1 在 b 中只有 1 行），这也有效。