比较pymer4中的模型

如何解决比较pymer4中的模型

在 pymer4（或用于线性混合效应回归模型的类似 python 模块）中有没有办法比较两个不同的模型？

在 R 中，包 anova 的命令 lme4 执行如下操作：

model1 = lmer(DV ~ IV1 + (1|RV),data = data)
model2 = lmer(DV ~ IV1*IV2 + (1|RV),data = data)

anova(model1,model2)

pymer4 的 API 页面似乎没有提到这一点。 （我可以在 R 中执行此操作，但我更愿意在 python 中执行此操作，因为我必须通过 for 循环在不同组中运行此测试，python 为此提供了灵活性。）

解决方法

您可以使用 rpy2 / rmagic 来实现这一点。

这是一个 for 循环示例，您可以在其中循环不同的 IV，创建和拟合新模型，并使用 anova 与基本模型进行比较。

# set base formula
base_formula = 'Weight ~ 1 + (1+Time|Pig)' # base model 
%R -i base_formula -i data m0 <- lmer(base_formula,data=data)

# loop over variables and compare models. 
for iv in ["Time","Start"]:
  m_formula = f'Weight ~ {iv} + (1+Time|Pig)'
  %R -i m_formula -i data m1 <- lmer(m_formula,data=data); print(anova(m0,m1))

要运行上面的示例，您需要导入 data 并设置您的 r 环境，您可以使用下面的代码或与我编写的与此 tutorial 相关联的笔记本来完成比较在 Python 中运行 LMER 的不同方式。

# Load dataset
import statsmodels.api as sm
data = sm.datasets.get_rdataset('dietox','geepack').data
#  Install Rbase and rpy2
# Install R and Rpy2
!apt-get install r-base
!pip install -q rpy2

# Install LMER packages (THIS TAKES ABOUT 3~5 minutes)
packnames = ('lme4','lmerTest','emmeans',"geepack")
from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2.robjects.vectors import StrVector
utils = importr("utils")
utils.chooseCRANmirror(ind=1)
utils.install_packages(StrVector(packnames))

## Load modules. 
%R library(lme4); library(lmerTest)