将多个 png 拼接成一个 h5 图像 h5py

如何解决将多个 png 拼接成一个 h5 图像 h5py

我在搅拌机中创建了一个模型。从这里开始，我通过该模型的 y 平面进行了 2d 切片，导致以下结果。

600 个 png 文件，每个文件对应一个 ylocation，即 y=0、y=0.1 等 每个 png 文件的分辨率为 500 x 600。

我现在尝试在将 .h5 加载到某些软件之前使用 python 将 600 个 png 合并到一个 h5 文件中。我发现每个单独的 png 文件都可以正常读取并且看起来很棒。然而，当我查看最终的 3d 图像时，图像会有些拉伸，我不确定这是如何创建的。

图像被调整大小（从 600x600 到 500x600，但我已经检查过，这不是拉伸的原因）。我想知道为什么我要在其他平面（不是 y 平面）中引入这种拉伸。

这是我的代码，请注意这里有一些工作正在进行中，因此我将数据集附加到列表中（这将用于以后的代码）

from PIL import Image
import sys
import os
import h5py
import numpy as np
import cv2 
from datetime import datetime
dir_path = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
sys.path.append(dir_path + '//..//..')

Xlen=500
Ylen=600
Zlen=600

directory=dir_path+"/LowPolyA21/"

for filename in os.listdir(directory):
    if fnmatch.fnmatch(filename,'*.png'):
        image = Image.open(directory+filename)
        new_image = image.resize((Zlen,Xlen))
        new_image.save(directory+filename)

dataset = np.zeros((Xlen,Zlen,Ylen),np.float)

# traverse all the pictures under the specified address
cnt_num = 0
img_list = sorted(os.listdir(directory))
os.chdir(directory)

for img in (img_list):
    if img.endswith(".png"):
        gray_img = cv2.imread(img,0)
        dataset[:,:,cnt_num] = gray_img
        cnt_num += 1

dataset[dataset == 0] = -1

dataset=dataset.swapaxes(1,2)

datasetlist=[]
datasetlist.append(dataset)

dz_dy_dz = (float(0.001),float(0.001),float(0.001))
for j in range(Xlen):
    for k in range(Ylen):
        for l in range(Zlen):
            if datasetlist[i][j,k,l]>1:
                datasetlist[i][j,l]=1
    
now = datetime.now()
timestamp = now.strftime("%d%m%Y_%H%M%S%f")
out_h5_path='voxelA_'+timestamp+'_flipped'
out_h5_path2='voxelA_'+timestamp+'_flipped.h5'
with h5py.File(out_h5_path2,'w') as f:
    f.attrs['dx_dy_dz'] = dz_dy_dz
    f['data'] = datasetlist[i] # Write data to the file's primary key data below

未拉伸的图像示例（在 y 平面中）

具有拉伸的图像示例（在 x 平面中）