Centos 8 上的 MANTA结构变体检测工具

如何解决Centos 8 上的 MANTA结构变体检测工具

晚上好， 我的工作站上安装了 Centos 8 作为操作系统 (OS)。我想安装 MANTA，但 Centos 8 未列在测试此工具的操作系统中 (https://github.com/Illumina/manta/blob/master/docs/userGuide/installation.md#prerequisites-to-build-from-source)。 我想知道是否有人在 Centos 8 上使用过它，或者试图让它工作是浪费时间。 谢谢大家！

解决方法

通过 Bioconda 安装

这可以通过 Bioconda 安装。我对 CentOS 8 Docker 映像 (centos:centos8) 进行了快速测试，似乎工作正常（虽然我没有在实际的 BAM 上进行测试），所以我认为你应该很好。以下是步骤。

安装步骤

1. 安装 Conda。这里有很多选项，但我推荐 some Miniforge variant。我专门安装了 Miniforge3-Linux-x86_64 版本。我注意到应该说 yes 来运行 conda init，然后在安装程序完成后运行 source ~/.bashrc。

2. 在环境中安装 Manta。 由于 Manta 涉及 Python 脚本，并且需要 Python 2，因此您需要一个新环境。指令如下：

   conda create -n manta -c conda-forge -c bioconda -c defaults manta
   

   这会为我安装 Manta v1.6.0。

3. 激活环境。环境需要激活才能使用。

   conda activate manta
   

4. 运行 Manta 脚本。例如，以下是运行 config 命令的输出：

   configManta.py
   Usage: configManta.py [options]
   
   Version: 1.6.0
   
   This script configures the Manta SV analysis pipeline.
   You must specify a BAM or CRAM file for at least one sample.
   
   Configuration will produce a workflow run script which
   can execute the workflow on a single node or through
   sge and resume any interrupted execution.
   
   Options:
     --version             show program's version number and exit
     -h,--help            show this help message and exit
     --config=FILE         provide a configuration file to override defaults in
                           global config file (/opt/miniforge3/envs/manta/share/m
                           anta-1.6.0-1/bin/configManta.py.ini)
     --allHelp             show all extended/hidden options
   
     Workflow options:
       --bam=FILE,--normalBam=FILE
                           Normal sample BAM or CRAM file. May be specified more
                           than once,multiple inputs will be treated as each BAM
                           file representing a different sample. [optional] (no
                           default)
       --tumorBam=FILE,--tumourBam=FILE
                           Tumor sample BAM or CRAM file. Only up to one tumor
                           bam file accepted. [optional] (no default)
       --exome             Set options for WES input: turn off depth filters
       --rna               Set options for RNA-Seq input. Must specify exactly
                           one bam input file
       --unstrandedRNA     Set if RNA-Seq input is unstranded: Allows splice-
                           junctions on either strand
       --referenceFasta=FILE
                           samtools-indexed reference fasta file [required]
       --runDir=DIR        Name of directory to be created where all workflow
                           scripts and output will be written. Each analysis
                           requires a separate directory. (default:
                           MantaWorkflow)
       --callRegions=FILE  Optionally provide a bgzip-compressed/tabix-indexed
                           BED file containing the set of regions to call. No VCF
                           output will be provided outside of these regions. The
                           full genome will still be used to estimate statistics
                           from the input (such as expected fragment size
                           distribution). Only one BED file may be specified.
                           (default: call the entire genome)
   
     Extended options (hidden):