如何解决R Shiny App 在 60 秒内超时,即使在 conf 文件中传递了 app_init_timeout 设置
我尝试将我的 R 闪亮应用程序容器化,该应用程序使用 docker 连接到 sql server 映像。如果我将其指向较小的数据集,该应用程序会加载一些初始数据并且工作正常,如果我在初始化步骤中加载大型数据集,该应用程序会开始给我超时。而实际的错误信息是
应用程序无法启动。
应用程序在初始化期间退出。
我查看了 R Documentation 并发现关于 app_init_timeout 每个应用程序的默认超时时间为 60 秒,可以通过设置此参数来增加,因此我将超时参数设置为 1800 秒但不幸的是,它对我的应用没有影响,并且在通常的 60 秒后超时。
我正在尝试将自定义的 server.conf 复制到 etc/shiny-server/shiny-server.conf,在那里我指定了增加的 app_init_timeout,如下所示:
run_as shiny;
# Define a top-level server which will listen on a port
server {
# Instruct this server to listen on port 3838
listen 3838;
# Define the location available at the base URL
location / {
site_dir /srv/shiny-server;
log_dir /var/log/shiny-server;
directory_index on;
# Increase the timeout of the app
app_init_timeout 3600;
app_idle_timeout 3600;
}
}
我的 docker 文件是
FROM rocker/shiny-verse
#update all packages
RUN apt-get update
#upgrade
RUN apt-get upgrade -y
#install additional packages
RUN apt install gpg-agent -y unixodbc apt-utils curl
#get msodbcsql17 and install it
RUN curl https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc | apt-key add -
RUN curl https://packages.microsoft.com/config/ubuntu/18.04/prod.list > /etc/apt/sources.list.d/mssql-release.list
RUN apt-get update -y
RUN ACCEPT_EULA=Y apt-get install -y msodbcsql17
RUN apt-get install tcl8.6 tk8.6 -y
#RUN curl -o Rtools.exe https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/Rtools35.exe
#rename SQL Driver title in odbcinst file
RUN sed -i 's/ODBC Driver 17 for SQL Server/SQL Server/' etc/odbcinst.ini
#install packaes needed for running the app
RUN R -e "install.packages(c('shiny'))"
RUN R -e "install.packages(c('shinydashboard'))"
RUN R -e "install.packages(c('dbplyr'))"
RUN R -e "install.packages(c('odbc'))"
RUN R -e "install.packages(c('sqldf'))"
RUN R -e "install.packages(c('gsubfn'))"
RUN R -e "install.packages(c('proto'))"
RUN R -e "install.packages(c('randomForest'))"
RUN R -e "install.packages(c('plotly'))"
RUN R -e "install.packages(c('DT'))"
RUN R -e "install.packages(c('plyr','dplyr'))"
RUN R -e "install.packages(c('data.table'))"
RUN R -e "install.packages(c('tidyr'))"
RUN R -e "install.packages(c('lubridate'))"
RUN R -e "install.packages(c('shinycssloaders'))"
RUN R -e "install.packages(c('shinyjs'))"
RUN R -e "install.packages(c('stringr'))"
RUN R -e "install.packages(c('stringi'))"
RUN R -e "install.packages(c('shinyFiles'))"
RUN R -e "install.packages(c('DBI'))"
RUN R -e "install.packages(c('readxl'))"
RUN R -e "install.packages(c('installr'))"
RUN R -e "install.packages(c('smbinning'))"
#copy app to image
COPY app/ srv/shiny-server/app
COPY shiny-server.conf/ etc/shiny-server/shiny-server.conf
如果我遗漏了什么,请告知。非常感谢。
解决方法
我在使用 Docker 在优秀的 DigitalOcean 应用程序服务上部署闪亮的应用程序时遇到了类似的问题。我使用的解决方法是强制应用程序每 10 秒在后台执行一些操作。这样做的缺点是它可能永远不会超时......但这应该根据DO应用程序是短暂的这一事实进行排序,因此不活动的会话应该结束(我认为......)
(我从 SO 上的其他地方借用了此代码,不记得在哪里)
在 server.R 的底部...
#Stop the app timing out
autoInvalidate <- reactiveTimer(10000)
observe({
autoInvalidate()
cat(".")
})
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