如何解决Snakemake-歧义规则例外
我收到如下错误消息: 规则 base_quality_control_fetal 和 base_quality_control 对于文件 /data/Fetal_BW_European.txt.gz 是不明确的。 考虑使用唯一前缀开始规则输出、限制通配符或使用 ruleorder 指令。 通配符: base_quality_control_fetal:ifetal_basedata=Fetal_BW_European base_quality_control: ibase_data=Fetal_BW_European 预期的输入文件: base_quality_control_fetal: 1-basedata-fetal.sh /data/Fetal_BW_European_meta-NG2019.txt.gz base_quality_control: 1-basedata.sh /data/Fetal_BW_European_meta-NG2019.txt.gz 预期输出文件: base_quality_control_fetal:/data/results/Fetal_BW_European_meta-NG2019.txt.gz base_quality_control:/data/results/Fetal_BW_European_meta-NG2019.txt.gz Here is the code
但我实际上是 2 个不同的规则并产生不同的输出文件。 我犯了一些错误吗?请帮我检查一下。提前致谢!
问候, 吴
解决方法
该消息是不言自明的:有两种不同的规则可以生成相同的文件:config["output_path"] + base_data/{ifetal_basedata}.txt.gz
可以在两个规则中解析为相同的文件名。
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