如何解决C ++代码中带有MPI的每个进程具有相同的随机数
|| 我有可以使用的C ++ MPI代码,因为它可以编译并确实在指定数量的处理器(n)上启动。问题在于它只是简单地执行了n次相同的计算,而不是进行了n次较快的计算。 我已经破解了在许多站点上找到的许多示例,并且似乎缺少对MPI_Send和MPI_Receive的正确使用,但是我找不到这些将功能作为输入的命令的实例(这些MPI命令为何对功能以外的其他功能有用)。 我的代码如下。本质上,它调用了我编写的C ++函数以获取Fisher的Exact Test p值。我只是为了测试速度而使用了随机数位。 该程序要做的是将Fisher.TwoTailed与每个随机变量集(即A,B,C和D)拖到不同的处理器上,而不是在多个处理器上进行完全相同的计算。预先感谢您的任何见解-欢呼! 这是代码:int
main (int argc,char* argv[])
{
int id;
int p;
//
// Initialize MPI.
//
MPI::Init ( argc,argv );
//
// Get the number of processors.
//
p = MPI::COMM_WORLD.Get_size ( );
//
// Get the rank of this processor.
//
id = MPI::COMM_WORLD.Get_rank ( );
FishersExactTest Fishers;
int i = 0;
while (i < 10) {
int A = 0 + rand() % (100 - 0);
int B = 0 + rand() % (100 - 0);
int C = 0 + rand() % (100 - 0);
int D = 0 + rand() % (100 - 0);
cout << Fishers.TwoTailed(A,B,C,D) << endl;
i += 1;
}
MPI::Finalize ( );
return 0;
}
解决方法
您应该研究一些有关并行计算和MPI的基础培训。国家基础超级计算应用中心(NCSA)提供了一套免费的在线课程,这些资源可以教我一些基础知识。
, 您必须告诉MPI如何并行处理代码-它不会自动执行。
换句话说,您不能在所有系统上初始化MPI,然后将它们传递给同一循环。您想使用每个处理器的ѭ1来确定它将在循环的哪一部分工作。然后,您需要他们将其结果全部传递回ID 0。
, 以上所有答案都是完全正确的。让我补充一点:
在这里,由于您似乎只是在进行随机抽样,因此您需要做的就是让不同的处理器生成不同的随机数以提供给Fishers。TwoTailed是确保它们对PRNG都有不同的种子:
int
main (int argc,char* argv[])
{
int id;
int p;
//
// Initialize MPI.
//
MPI::Init ( argc,argv );
//
// Get the number of processors.
//
p = MPI::COMM_WORLD.Get_size ( );
//
// Get the rank of this processor.
//
id = MPI::COMM_WORLD.Get_rank ( );
FishersExactTest Fishers;
srand(id); // <--- each rank gets a different seed
int i = 0;
while (i < 10) {
int A = 0 + rand() % (100 - 0);
int B = 0 + rand() % (100 - 0);
int C = 0 + rand() % (100 - 0);
int D = 0 + rand() % (100 - 0);
cout << Fishers.TwoTailed(A,B,C,D) << endl;
i += 1;
}
MPI::Finalize ( );
return 0;
}
由于循环是从1..10开始的,因此您仍将使每个进程进行10个采样。如果希望他们总共做10次,可以将10除以p并做一些分配余数的操作:例如
int niters = (10+id)/p;
int i=0;
while (i < niters) {
...
}
, 那么,当您运行MPI作业时会收到什么消息?只是要重申其他人说的话,您将必须明确定义每个处理器的工作...例如。.如果您的等级为0(默认),则执行此操作...如果您的等级为1,依此类推。 ..(或其他语法)定义每个等级的角色。然后,根据您的代码结构,可以使节点具有Send / Recv,Gather,Scatter等。
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