如何防止 R 中的 gamm4 在我的 GAMM 中删除列/系数？

如何解决如何防止 R 中的 gamm4 在我的 GAMM 中删除列/系数？

我试图绘制出随着参与者年龄的增长，患有或未患有创伤性脑损伤的个体认知状态的非线性轨迹（创伤性脑损伤组“1”=“简单头部损伤”中有 4 个级别， "2" = "轻度 TBI","3" = "中重度 TBI","4" = "无损伤")

我首先将我的分组和个人 ID 更改为因子变量

dat$ResultsID <- as.factor(dat$ResultsID)
dat$BISQ_worstheadblow_fac <- as.factor(dat$BISQ_worstheadblow)
dat$BISQ_worstheadblow_fac <- recode(dat$BISQ_worstheadblow_fac,"1" = "Simple head injury","2" = "Mild TBI","3" = "Moderate-Severe TBI","4" = "No Injuries",.default = NA_character_)

然后我运行我的 GAMM

working_memory_gamm <- gamm4::gamm4(working_memory_domain ~ s(Wall_age) + s(Wall_age,by = BISQ_worstheadblow_fac) + BISQ_worstheadblow_fac,data=dat,random=~(1|ResultsID))

它告诉我我删除了一个列/系数

当我检查结果时

Fixed Effects:
                                             X(Intercept)  
                                                 0.138395  
                          XBISQ_worstheadblow_facMild TBI  
                                                -0.021501  
               XBISQ_worstheadblow_facModerate-Severe TBI  
                                                -0.128271  
                       XBISQ_worstheadblow_facNo Injuries  
                                                -0.039735  
                                          Xs(Wall_age)Fx1  
                                                 0.004909  
 Xs(Wall_age):BISQ_worstheadblow_facSimple head injuryFx1  
                                                -0.013153  
           Xs(Wall_age):BISQ_worstheadblow_facMild TBIFx1  
                                                -0.017691  
Xs(Wall_age):BISQ_worstheadblow_facModerate-Severe TBIFx1  
                                                -0.002396  

您可以看到，在交互项中，它删除了 No_injuries 组 而在拦截项中，它删除了严重头部损伤组 我该如何解决这个问题？

当我尝试使用体素包绘制它时

voxel :: plotGAMM(gammFit = working_memory_gamm,smooth.cov <- "Wall_age",groupCovs <- "BISQ_worstheadblow_fac",orderedAsFactor = F,rawOrFitted = F,plotCI = F,grouping = NULL)

它出现说由于缺少数据而删除了 800 行并且图为空

我也尝试删除所有 NA 行

dat <- dat[!is.na(dat$BISQ_worstheadblow),]
dat3 <- dat2[!is.na(dat2$Wall_age),]

补充说明：

这个体素示例脚本正是我想要生成的那种图形。我只是看不到它的样本数据和我正在使用的数据之间的区别

我哪里出错了？

library(gamm4)
set.seed(0)
dat <- gamSim(1,n=400,scale=2) ## simulate 4 term additive truth

## Now add 20 level random effect `fac'...
dat$fac <- fac <- as.factor(sample(1:20,400,replace=TRUE))
dat$y <- dat$y + model.matrix(~fac-1)%*%rnorm(20)*.5

dat$group <- group <- as.factor(sample(1:4,replace = TRUE))
head(dat)
br <- gamm4(y~s(x0,by = group)+x1+s(x2) + group,random=~(1|fac))
plot(br$gam,pages=1)

plotGAMM(gammFit = br,smooth.cov <- "x0",groupCovs <- "group",plotCI = T,grouping = NULL)