如何解决在 for 循环中使用 bash 中的 sleep 启动 sbatch
我想提交一个 R 脚本 myjob.R
,它带有两个参数,我有几个场景(这里只举几个例子)。
我想通过循环 scens
和 sets
来传递这些参数。
为了避免集群上的squeue
过载,我不想一次提交整个循环。
相反,我想在每次提交作业之间等待 1 小时。
因此,我在每次迭代后都包含了 sleep 1h
命令。
我曾经通过 bash mybash.sh
启动 bash 脚本,但是此命令需要在所有作业提交之前保持终端打开。
当时我的解决方案是通过 mybash.sh
启动 sbatch mybash.sh
。这以某种方式嵌套了两个 sbatch 命令。看起来效果很好。
我的问题是,是否有任何理由反对提交嵌套的 sbatch
命令。
谢谢!
这是 mybash.sh
脚本:
#!/bin/bash
scens=('AAA' 'BBB')
sets=('set1' 'set2')
wd=/projects/workdir
for sc in "${!scens[@]}";do
for se in "${!sets[@]}" ;do
echo "SCENARIO: ${scens[sc]} --- SET: ${sets[se]}"
sbatch -t 00:05:00 -J myjob --workdir=${wd} -e myjob.err -o myjob.out R --file=myjob.R --args "${scens[sc]}" "${sets[se]}"
# My solution is to include the following line & run this bash script via sbatch
sleep 1h
done
done
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