使用 ggplot2 镜像两个 PheWAS 图

如何解决使用 ggplot2 镜像两个 PheWAS 图

我有两个 PheWAS 图，并且两者的类别数（x 轴，20 个类别）相同。我想将它们放在同一个图上，在 y 轴上镜像其中一个，但将 x 轴标题留在中间。

示例数据：

dataset1 <- data.frame(
  chr = c(1,3,5,6,7,2,8,4,3),pos = c(445578,659990,789689,678599,97890,67899,9867647,675890,799030,8609000,789900,90907878),p = c(0.05,0.34,0.55,0.05,0.67,0.01,0.76,0.88,0.12,0.22),description = factor(c("Metabolic","Metabolic","Immunological","BodyStructures","Cardiovascular","Hematological","Nutritional","Environment","Psychiatric","Cognitive","Musculoskeletal","Opthalmological"))
)

dataset2 <- data.frame(
  chr = c(1,pos = c(444358,647389,76379,64789,1456378,5647839,452678,65789,657839,3562789,15367384,2647489),p = c(5e-05,0.4554,0.003,0.6789,0.6783,0.00568,0.789,0.7799,0.00457,0.7899,0.35678,0.3678),"Opthalmological"))
)

要创建我的两个图，我使用以下脚本：

情节 1：

library(ggplot2)
library(RColorBrewer)

colourCount <- length(unique(dataset1$description))
getPalette <- colorRampPalette(brewer.pal(9,"Set1"))

PheWAS_1 <- ggplot(dataset1,aes(x=description,y=-log(p),colour = description)) + 
  geom_jitter(mapping=aes(x=as.factor(description),y=-log10(p))) +
  theme_classic() + 
  scale_colour_manual(values = getPalette(colourCount)) +
  theme(axis.text.x=element_text(angle = 75,vjust = 0.5,hjust=1,size = 10,margin=margin(-30,0))) + 
  labs(color="description",size="Effect size",x="Phenotype Group",y="-log10(p-value)") +
  geom_hline(yintercept=-log10(7.45E-07),color="gray32",linetype="dashed",size=1,alpha=0.5)+
  theme(legend.position = "none") +
  theme(axis.title.x = element_text(margin = margin(40,0)))

情节 2：

colourCount <- length(unique(dataset2$description))
getPalette <- colorRampPalette(brewer.pal(9,"Set1"))

PheWAS_2 <- ggplot(dataset2,y="-log10(p-value)") +
  geom_hline(yintercept=-log10(2.83E-06),0)))

我添加了一个示例图像，我想制作一个类似的图像，但我的颜色和标题介于两个数字之间。

解决方法

翻转第二个情节

为了实现这一点，我们需要添加两个函数：

• scale_y_reverse：这将翻转 y 轴； 0 在顶部，10 在底部。
• scale_x_discrete(position = top)：这会将 x 轴置于顶部。

修正 y 轴限制

最好为两个图保持相同的 y 轴限制，以使它们具有可比性。因此，我们必须为第一个图提供 ylim()。对于第二个图，我们已经有了 scale_y_reverse，所以我们可以在那里提供我们的极限。

修复 x 标签

由于您只希望标签出现一次，因此您必须在第二个图中对 element_blank() 和 theme(axis.text.x) 使用 theme(axis.title.x)。同样，我会删除第一个图中的 x 轴标题以保持平衡。

组合图

现在，您想合并这些图。然而，第一个图在 x 轴上有很多信息，而第二个图没有。这意味着它们具有不同的高度。我喜欢使用 cowplot::plot_grid 来组合图，因为它允许您设置图的相对高度。在这种情况下，我们可以用它来解释两个图之间的高度差。

最终代码

PheWAS_1 <- ggplot(dataset1,aes(x = description,y = -log(p),colour = description)) + 
  geom_jitter() +
  theme_classic() + 
  scale_colour_manual(values = getPalette(colourCount)) +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90,vjust = 0.5,hjust = 0,size = 10),axis.title.x = element_blank(),legend.position = "none") + 
  labs(color = "description",size = "Effect size",x = "",y = "-log10(p-value)") +
  ylim(c(0,10)) +
  geom_hline(yintercept = -log10(7.45E-07),color = "gray32",linetype = "dashed",size = 1,alpha = 0.5)


PheWAS_2 <- ggplot(dataset2,colour = description)) + 
  geom_jitter() +
  theme_classic() + 
  scale_colour_manual(values = getPalette(colourCount)) +
  theme(axis.text.x = element_blank(),x = "Phenotype Group",y = "-log10(p-value)") +
  scale_y_reverse(limits = c(10,0)) +
  scale_x_discrete(position = "top") +
  geom_hline(yintercept = -log10(2.83E-06),alpha = 0.5)

cowplot::plot_grid(PheWAS_1,PheWAS_2,ncol = 1,rel_heights = c(1,0.75))

最后说明

设置代码的方式是引入抖动。这不是一个好方法，因为理想情况下，两个图之间的峰值会匹配。最好在 x 轴上为每一行分配一个位置。